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/data/README.md
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--- a +++ b/data/README.md @@ -0,0 +1,73 @@ +Data folder. + +[Physionet data](https://www.physionet.org/content/mimic-eicu-fiddle-feature/1.0.0/) can be downloaded with the following command: + +``` +wget -r -N -c -np --user <username> --ask-password https://physionet.org/files/mimic-eicu-fiddle-feature/1.0.0/ +``` + +Total uncompressed size: 1.7 GB. + +Project code expects data in the following structure: + +``` +└── data + ├── FIDDLE_eicu + │ ├── features + │ │ ├── ARF_12h + │ │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ │ ├── s.feature_names.json + │ │ │ ├── s.npz + │ │ │ ├── X.feature_aliases.json + │ │ │ ├── X.feature_names.json + │ │ │ └── X.npz + │ │ ├── ARF_4h + │ │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ │ ... + │ │ │ └── X.npz + │ │ ├── mortality_48h + │ │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ │ ... + │ │ │ └── X.npz + │ │ ├── Shock_12h + │ │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ │ ... + │ │ │ └── X.npz + │ │ └── Shock_4h + │ │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ │ ... + │ │ │ └── X.npz + │ └── population + │ ├── ARF_12h.csv + │ ├── ARF_4h.csv + │ ├── index.html + │ ├── mortality_48h.csv + │ ├── Shock_12h.csv + │ └── Shock_4h.csv + └── FIDDLE_mimic3 + ├── features + │ ├── ARF_12h + │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ ... + │ │ └── X.npz + │ ├── ARF_4h + │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ ... + │ │ └── X.npz + │ ├── mortality_48h + │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ ... + │ │ └── X.npz + │ ├── Shock_12h + │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ ... + │ │ └── X.npz + │ └── Shock_4h + │ │ ├── s.feature_aliases.json + │ │ ... + │ │ └── X.npz + └── population + ├── ARF_12h.csv + ... + └── Shock_4h.csv +``` \ No newline at end of file