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Data folder.
Physionet data can be downloaded with the following command:
wget -r -N -c -np --user <username> --ask-password https://physionet.org/files/mimic-eicu-fiddle-feature/1.0.0/
Total uncompressed size: 1.7 GB.
Project code expects data in the following structure:
└── data
├── FIDDLE_eicu
│ ├── features
│ │ ├── ARF_12h
│ │ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ │ ├── s.feature_names.json
│ │ │ ├── s.npz
│ │ │ ├── X.feature_aliases.json
│ │ │ ├── X.feature_names.json
│ │ │ └── X.npz
│ │ ├── ARF_4h
│ │ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ │ ...
│ │ │ └── X.npz
│ │ ├── mortality_48h
│ │ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ │ ...
│ │ │ └── X.npz
│ │ ├── Shock_12h
│ │ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ │ ...
│ │ │ └── X.npz
│ │ └── Shock_4h
│ │ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ │ ...
│ │ │ └── X.npz
│ └── population
│ ├── ARF_12h.csv
│ ├── ARF_4h.csv
│ ├── index.html
│ ├── mortality_48h.csv
│ ├── Shock_12h.csv
│ └── Shock_4h.csv
└── FIDDLE_mimic3
├── features
│ ├── ARF_12h
│ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ ...
│ │ └── X.npz
│ ├── ARF_4h
│ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ ...
│ │ └── X.npz
│ ├── mortality_48h
│ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ ...
│ │ └── X.npz
│ ├── Shock_12h
│ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ ...
│ │ └── X.npz
│ └── Shock_4h
│ │ ├── s.feature_aliases.json
│ │ ...
│ │ └── X.npz
└── population
├── ARF_12h.csv
...
└── Shock_4h.csv