Diff of
/data/README.md
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| a | b/data/README.md | ||
|---|---|---|---|
| 1 | Data folder. |
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| 2 | |||
| 3 | [Physionet data](https://www.physionet.org/content/mimic-eicu-fiddle-feature/1.0.0/) can be downloaded with the following command: |
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| 4 | |||
| 5 | ``` |
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| 6 | wget -r -N -c -np --user <username> --ask-password https://physionet.org/files/mimic-eicu-fiddle-feature/1.0.0/ |
||
| 7 | ``` |
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| 8 | |||
| 9 | Total uncompressed size: 1.7 GB. |
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| 10 | |||
| 11 | Project code expects data in the following structure: |
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| 12 | |||
| 13 | ``` |
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| 14 | └── data |
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| 15 | ├── FIDDLE_eicu |
||
| 16 | │ ├── features |
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| 17 | │ │ ├── ARF_12h |
||
| 18 | │ │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 19 | │ │ │ ├── s.feature_names.json |
||
| 20 | │ │ │ ├── s.npz |
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| 21 | │ │ │ ├── X.feature_aliases.json |
||
| 22 | │ │ │ ├── X.feature_names.json |
||
| 23 | │ │ │ └── X.npz |
||
| 24 | │ │ ├── ARF_4h |
||
| 25 | │ │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 26 | │ │ │ ... |
||
| 27 | │ │ │ └── X.npz |
||
| 28 | │ │ ├── mortality_48h |
||
| 29 | │ │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 30 | │ │ │ ... |
||
| 31 | │ │ │ └── X.npz |
||
| 32 | │ │ ├── Shock_12h |
||
| 33 | │ │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 34 | │ │ │ ... |
||
| 35 | │ │ │ └── X.npz |
||
| 36 | │ │ └── Shock_4h |
||
| 37 | │ │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 38 | │ │ │ ... |
||
| 39 | │ │ │ └── X.npz |
||
| 40 | │ └── population |
||
| 41 | │ ├── ARF_12h.csv |
||
| 42 | │ ├── ARF_4h.csv |
||
| 43 | │ ├── index.html |
||
| 44 | │ ├── mortality_48h.csv |
||
| 45 | │ ├── Shock_12h.csv |
||
| 46 | │ └── Shock_4h.csv |
||
| 47 | └── FIDDLE_mimic3 |
||
| 48 | ├── features |
||
| 49 | │ ├── ARF_12h |
||
| 50 | │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 51 | │ │ ... |
||
| 52 | │ │ └── X.npz |
||
| 53 | │ ├── ARF_4h |
||
| 54 | │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 55 | │ │ ... |
||
| 56 | │ │ └── X.npz |
||
| 57 | │ ├── mortality_48h |
||
| 58 | │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 59 | │ │ ... |
||
| 60 | │ │ └── X.npz |
||
| 61 | │ ├── Shock_12h |
||
| 62 | │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 63 | │ │ ... |
||
| 64 | │ │ └── X.npz |
||
| 65 | │ └── Shock_4h |
||
| 66 | │ │ ├── s.feature_aliases.json |
||
| 67 | │ │ ... |
||
| 68 | │ │ └── X.npz |
||
| 69 | └── population |
||
| 70 | ├── ARF_12h.csv |
||
| 71 | ... |
||
| 72 | └── Shock_4h.csv |
||
| 73 | ``` |