--- a +++ b/pubmed/download_pubmed.sh @@ -0,0 +1,33 @@ +#!/bin/bash +XML_DIR=xml +# Delete it if it exists +[ -d $XML_DIR ] && rm -r $XML_DIR +mkdir $XML_DIR +cd $XML_DIR + +mkdir papersA-B +cd papersA-B +wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.A-B.xml.tar.gz +tar -xf non_comm_use.A-B.xml.tar.gz +rm non_comm_use.A-B.xml.tar.gz +cd .. + +mkdir papersC-H +cd papersC-H +wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.C-H.xml.tar.gz +tar -xf non_comm_use.C-H.xml.tar.gz +rm non_comm_use.C-H.xml.tar.gz +cd .. + +mkdir papersI-N +cd papersI-N +wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.I-N.xml.tar.gz +tar -xf non_comm_use.I-N.xml.tar.gz +rm non_comm_use.I-N.xml.tar.gz +cd .. + +mkdir papersO-Z +cd papersO-Z +wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.O-Z.xml.tar.gz +tar -xf non_comm_use.O-Z.xml.tar.gz +rm non_comm_use.O-Z.xml.tar.gz \ No newline at end of file