[2d4573]: / pubmed / download_pubmed.sh

Download this file

33 lines (29 with data), 819 Bytes

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
#!/bin/bash
XML_DIR=xml
# Delete it if it exists
[ -d $XML_DIR ] && rm -r $XML_DIR
mkdir $XML_DIR
cd $XML_DIR
mkdir papersA-B
cd papersA-B
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.A-B.xml.tar.gz
tar -xf non_comm_use.A-B.xml.tar.gz
rm non_comm_use.A-B.xml.tar.gz
cd ..
mkdir papersC-H
cd papersC-H
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.C-H.xml.tar.gz
tar -xf non_comm_use.C-H.xml.tar.gz
rm non_comm_use.C-H.xml.tar.gz
cd ..
mkdir papersI-N
cd papersI-N
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.I-N.xml.tar.gz
tar -xf non_comm_use.I-N.xml.tar.gz
rm non_comm_use.I-N.xml.tar.gz
cd ..
mkdir papersO-Z
cd papersO-Z
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/oa_bulk/non_comm_use.O-Z.xml.tar.gz
tar -xf non_comm_use.O-Z.xml.tar.gz
rm non_comm_use.O-Z.xml.tar.gz