Log In Sign Up
Models:
Daniel Galbraith
DanielG/
MethodsTBS
0
Downloads: 1
[170d55]: / TBS_Alignment_Stats.csv

Download this file

# TotalReads SecondaryAlignment Supplementary Duplicate Mapped Paired Read1 Read2 ProperPair MateMapped Singletons MateMappedToDiffChrom MateMappedToDiffChromMapq>=5 DuplicationRate OnTarget-All OnTarget-DeDuplicated Mapped-Deduplicated
1 S55 11987166 0 0 7576064 9396434 11987166 5993583 5993583 8990806 9392142 4292 331508 137224 0.8062701233255084 3014370 300339 1820370
2 S56 9679740 0 0 6352653 7935141 9679740 4839870 4839870 7586398 7930652 4489 289372 117018 0.8005721637460507 2533487 275450 1582488
3 S57 12909440 0 0 8400717 10357589 12909440 6454720 6454720 9922624 10352446 5143 358282 148709 0.8110687728582395 3120129 322042 1956872
4 S58 12910666 0 0 8252499 10334690 12910666 6455333 6455333 9898660 10329666 5024 362608 148473 0.7985240969975878 3171454 349018 2082191
5 S59 14907114 0 0 9963626 12021777 14907114 7453557 7453557 11561132 12015858 5919 368310 153206 0.8287981053050643 3489678 337635 2058151
6 S60 12933376 0 0 8189241 10204736 12933376 6466688 6466688 9825440 10199986 4750 309656 127507 0.8024941556547862 2968724 338399 2015495
7 S61 10134522 0 0 6293180 7952246 10134522 5067261 5067261 7630930 7947966 4280 267850 109308 0.7913713936917948 2452617 286937 1659066
8 S62 8787448 0 0 5091276 7121964 8787448 4393724 4393724 6773686 7118190 3774 290424 124577 0.7148696623571813 2186663 433754 2030688
9 S63 12956010 0 0 7286909 10574016 12956010 6478005 6478005 10153492 10568782 5234 361250 151678 0.6891335326142877 3446840 793405 3287107
10 S64 11433908 0 0 6758771 9312463 11433908 5716954 5716954 8876510 9308290 4173 370370 154591 0.7257769507379519 3065162 572935 2553692
11 S54 11337422 0 0 7205040 9111677 11337422 5668711 5668711 8788072 9107568 4109 270086 109417 0.790747960007801 3064882 372862 1906637
12 S66 11413552 0 0 6491932 9353634 11413552 5706776 5706776 8926058 9348798 4836 362098 151214 0.6940545246906176 3039976 672261 2861702
13 S67 14513160 0 0 8411078 11822677 14513160 7256580 7256580 11320764 11817316 5361 435286 180468 0.7114359971096225 3732434 764268 3411599
14 S68 15009030 0 0 8910786 12244414 15009030 7504515 7504515 11730190 12239094 5320 438922 184218 0.7277429528273056 3887107 743628 3333628
15 S69 17893758 0 0 10661879 14365874 17893758 8946879 8946879 13790464 14359798 6076 482586 202165 0.7421670968296116 4323691 775210 3703995
16 S70 12846054 0 0 7624722 10439850 12846054 6423027 6423027 9994722 10435190 4660 376300 158600 0.7303478498254286 3308134 623882 2815128
17 S71 7541596 0 0 4074575 6032673 7541596 3770798 3770798 5780324 6029484 3189 205704 86339 0.6754178454559032 1993602 480128 1958098
18 S72 13925158 0 0 8512644 11527061 13925158 6962579 6962579 11045856 11521112 5949 403706 170974 0.7384921447019323 3488734 655661 3014417
19 S73 9567504 0 0 5285979 7807032 9567504 4783752 4783752 7444550 7802676 4356 302690 126901 0.6770792024421061 2556684 607688 2521053
20 S74 9243734 0 0 5477066 7716328 9243734 4621867 4621867 7367702 7712656 3672 301120 126106 0.709802123497083 2516217 516526 2239262
21 S75 8215000 0 0 4589571 6647332 8215000 4107500 4107500 6327482 6643694 3638 265820 111658 0.6904380584571373 2149477 477197 2057761
22 S65 12528930 0 0 8171191 10013348 12528930 6264465 6264465 9593292 10008250 5098 341552 141315 0.8160298633384159 3079895 304014 1842157
23 S77 11090304 0 0 6674971 9214119 11090304 5545152 5545152 8812064 9210060 4059 346954 143459 0.7244285644672052 3020600 579298 2539148
24 S78 10972556 0 0 6244367 8948628 10972556 5486278 5486278 8512682 8944080 4548 370292 154745 0.6978016071290482 3013598 634374 2704261
25 S79 9103682 0 0 5273278 7543028 9103682 4551841 4551841 7196784 7539058 3970 292708 123955 0.699092990242115 2562091 554669 2269750
26 S80 8059422 0 0 4679081 6729526 8059422 4029711 4029711 6554248 6725558 3968 131322 58112 0.6953061775821953 2355305 596439 2050445
27 S81 9463148 0 0 5634535 7726521 9463148 4731574 4731574 7523544 7722684 3837 151968 67720 0.7292460604196895 3041165 645610 2091986
28 S82 8276508 0 0 4812450 6781230 8276508 4138254 4138254 6607492 6777170 4060 124584 55510 0.709672139125203 2496043 590676 1968780
29 S83 7149320 0 0 4178692 5864574 7149320 3574660 3574660 5698940 5861626 2948 124766 54202 0.7125312085754225 2339966 529440 1685882
30 S84 9230860 0 0 5589768 7749434 9230860 4615430 4615430 7575156 7745414 4020 134534 58750 0.7213130662187716 2750006 635886 2159666
31 S85 9157092 0 0 5421402 7491393 9157092 4578546 4578546 7307498 7488332 3061 140814 60432 0.7236840998730143 2904432 633269 2069991
32 S86 10546800 0 0 6065216 8561269 10546800 5273400 5273400 8369848 8557010 4259 139412 62025 0.7084482452309349 2927316 709362 2496053
33 S76 14661454 0 0 9247372 11713403 14661454 7330727 7330727 11267482 11708528 4875 379886 155781 0.7894692942776749 3604589 446810 2466031
34 S88 7759344 0 0 4387872 6362542 7759344 3879672 3879672 6216858 6359718 2824 113288 49425 0.6896413414638363 2481962 625123 1974670
35 S89 8139010 0 0 4876082 6731123 8139010 4069505 4069505 6533754 6727536 3587 151466 66151 0.7244083936662574 2437193 527245 1855041
36 S90 7158886 0 0 4118767 5934942 7158886 3579443 3579443 5793594 5931826 3116 103974 45356 0.6939860574880091 2314218 576663 1816175
37 S91 10662950 0 0 6462173 8798066 10662950 5331475 5331475 8580176 8794662 3404 171044 74548 0.7344992638154795 3301975 687625 2335893
38 S92 8104126 0 0 4694961 6683060 8104126 4052063 4052063 6518384 6679332 3728 118058 52420 0.7025166615292995 2552294 622811 1988099
39 S93 9119644 0 0 5330470 7462332 9119644 4559822 4559822 7282166 7458586 3746 135052 59062 0.7143169186254378 2833533 645180 2131862
40 S94 11656902 0 0 7093157 9643965 11656902 5828451 5828451 9385404 9639636 4329 200044 88236 0.7355021508269679 3730469 772840 2550808
41 S95 11565058 0 0 7197202 9542655 11565058 5782529 5782529 9307802 9538166 4489 175988 77952 0.7542137906064926 3594339 687756 2345453
42 S96 10919276 0 0 6564055 8990330 10919276 5459638 5459638 8811252 8987498 2832 144978 63189 0.7301239220362322 3483368 749338 2426275
43 S87 11842076 0 0 7371100 9329253 11842076 5921038 5921038 8929340 9325074 4179 334324 137379 0.7901061317556722 3057725 339549 1958153
44 S97 12881394 0 0 8325634 10446891 12881394 6440697 6440697 10024780 10442320 4571 362032 149287 0.7969484892682426 3401858 383768 2121257
45 S98 12828320 0 0 8021532 9994357 12828320 6414160 6414160 9589942 9990016 4341 333582 138360 0.8026061106282275 3182758 333316 1972825
46 S99 12722868 0 0 8101132 10160348 12722868 6361434 6361434 9741162 10155452 4896 353044 143245 0.79732820175057 3133218 340970 2059216
47 S100 11942858 0 0 7475945 9426484 11942858 5971429 5971429 9045456 9421842 4642 315704 128058 0.7930788404244892 2861332 330515 1950539
48 S101 8847732 0 0 5518758 7040157 8847732 4423866 4423866 6758488 7035988 4169 234182 95873 0.783897006842319 2197313 270386 1521399