--- a +++ b/tests/methods/test_deduce_labeler.py @@ -0,0 +1,50 @@ +from deidentify.base import Annotation +from deidentify.methods.deduce.deduce_labeler import DeduceAnnotator + +TEST_TEXT = u"Dit is stukje tekst met daarin de naam Jan Jansen. De patient J. Jansen (e: j.jnsen@email.com, t: 06-12345678) is 64 jaar oud en woonachtig in Utrecht. Hij werd op 10 oktober door arts Peter de Visser ontslagen van de kliniek van het UMCU." + +ANNOTATOR = DeduceAnnotator(text=TEST_TEXT) + + +def test_annotation_content(): + assert ANNOTATOR.annotation_content('<LOCATIE Laverhof>') == 'Laverhof' + + +def test_annotation_tag(): + assert ANNOTATOR.annotation_tag('<LOCATIE Laverhof>') == 'LOCATIE' + + +def test_is_annotation(): + assert ANNOTATOR.is_annotation('<LOCATIE Laverhof>') + assert not ANNOTATOR.is_annotation('This is not an annotation') + assert not ANNOTATOR.is_annotation('This is also not an annotation <LOCATIE Laverhof>') + + +def test_flatten_tag_content(): + fac = ANNOTATOR.flatten_annotation_content + assert fac('<PERSOON <LOCATIE Laverhof >Ondersteuning Thuis>') == 'Laverhof Ondersteuning Thuis' + assert fac('Ondersteuning Thuis') == 'Ondersteuning Thuis' + assert fac('<LOCATIE Laverhof> Ondersteuning <LOCATIE Thuis>') == 'Laverhof Ondersteuning Thuis' + assert fac('<LOCATIE Laverhof>') == 'Laverhof' + + +def test_annotate_text(): + assert ANNOTATOR.annotated_text == "Dit is stukje tekst met daarin de naam <PERSOON Jan Jansen>. De <PERSOON patient J. Jansen> (e: <URL j.jnsen@email.com>, t: <TELEFOONNUMMER 06-12345678>) is <LEEFTIJD 64> jaar oud en woonachtig in <LOCATIE Utrecht>. Hij werd op <DATUM 10 oktober> door arts <PERSOON Peter de Visser> ontslagen van de kliniek van het <INSTELLING umcu>." + + +def test_annotations(): + actual = ANNOTATOR.annotations() + + assert actual == [ + Annotation('Jan Jansen', 39, 49, 'PERSOON'), + Annotation('patient J. Jansen', 54, 71, 'PERSOON'), + Annotation('j.jnsen@email.com', 76, 93, 'URL'), + Annotation('06-12345678', 98, 109, 'TELEFOONNUMMER'), + Annotation('64', 114, 116, 'LEEFTIJD'), + Annotation('Utrecht', 143, 150, 'LOCATIE'), + Annotation('10 oktober', 164, 174, 'DATUM'), + Annotation('Peter de Visser', 185, 200, 'PERSOON'), + # We explicitly check that the following annotation is included in it's correct form. + # Deduce annotates UMCU as umcu. During annotation, we attempt to recover the original text. + Annotation('UMCU', 234, 238, 'INSTELLING') + ]