import numpy as np
import nibabel as nib
from utils import *
from segment_lung import segment_lung
from segment_airway import segment_airway

params = define_parameter()

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# Load image 
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I         = nib.load('./data/sample_ct.nii.gz')
I_affine  = I.affine
I         = I.get_data()

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# Coarse segmentation of lung & airway 
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Mlung = segment_lung(params, I, I_affine)

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# Romove airway from lung mask 
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Mlung, Maw = segment_airway(params, I, I_affine, Mlung)