--- a +++ b/main.py @@ -0,0 +1,27 @@ +import numpy as np +import nibabel as nib +from utils import * +from segment_lung import segment_lung +from segment_airway import segment_airway + +params = define_parameter() + +##################################################### +# Load image +##################################################### + +I = nib.load('./data/sample_ct.nii.gz') +I_affine = I.affine +I = I.get_data() + +##################################################### +# Coarse segmentation of lung & airway +##################################################### + +Mlung = segment_lung(params, I, I_affine) + +##################################################### +# Romove airway from lung mask +##################################################### + +Mlung, Maw = segment_airway(params, I, I_affine, Mlung)