import numpy as np

import nibabel as nib

from utils import *

from segment_lung import segment_lung

from segment_airway import segment_airway

params = define_parameter()

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# Load image 

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I         = nib.load('./data/sample_ct.nii.gz')

I_affine  = I.affine

I         = I.get_data()

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# Coarse segmentation of lung & airway 

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Mlung = segment_lung(params, I, I_affine)

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# Romove airway from lung mask 

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Mlung, Maw = segment_airway(params, I, I_affine, Mlung)