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+++ b/data/README.md
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+## Training/Validation Data
+
+#### Running command below will launch training and validation based on config files
+
+`python -m adpkd_segmentation.train --config --config path_to_config_yaml --makelinks`
+
+Note: Data source path can be changed in `adpkd_segmentation/data/data_config.py`
+
+### Overview of dataprocessing
+
+* Dicom files are annotated in ITK-Snap with masks saved as `Untitled.nii.gz`. Unprocessed files are stored in `data/unprocessed`.
+* Unprocessed files are processed using `adpkd_segmentation/process_nifti.py`. Processed files are stored in `data/processed`.
+* Path to processed data is defined in `adpkd_segmentation/data/data_config.py`
+
+
+```
+.
+├── processed # Format used for model training
+│   └── ADPKD-EXAM__AXL-FIESTA 
+│       ├── DICOM_anon
+│       │   ├── 00001.dcm
+│       │   ├── 00002.dcm
+│       │   ├── 00003.dcm
+│       │   ├── 00004.dcm
+│       │   ├── 00005.dcm
+│       │   ├── 00006.dcm
+│       │   ├── 00007.dcm
+│       │   ├── 00008.dcm
+│       │   ├── 00009.dcm
+│       │   ├── 00010.dcm
+│       │   ├── 00011.dcm
+│       │   ├── 00012.dcm
+│       │   ├── 00013.dcm
+│       │   ├── 00014.dcm
+│       │   ├── 00015.dcm
+│       │   └── 00016.dcm
+│       ├── Ground
+│       │   ├── 00001.png
+│       │   ├── 00002.png
+│       │   ├── 00003.png
+│       │   ├── 00004.png
+│       │   ├── 00005.png
+│       │   ├── 00006.png
+│       │   ├── 00007.png
+│       │   ├── 00008.png
+│       │   ├── 00009.png
+│       │   ├── 00010.png
+│       │   ├── 00011.png
+│       │   ├── 00012.png
+│       │   ├── 00013.png
+│       │   ├── 00014.png
+│       │   ├── 00015.png
+│       │   └── 00016.png
+│       └── Nifti
+│           └── Untitled.nii.gz
+│
+└── unprocessed  # Format generated by ITK-Snap 
+    └── ADPKD-EXAM__AXL-FIESTA  
+        └── DICOM_anon
+            ├── 00001.dcm
+            ├── 00002.dcm
+            ├── 00003.dcm
+            ├── 00004.dcm
+            ├── 00005.dcm
+            ├── 00006.dcm
+            ├── 00007.dcm
+            ├── 00008.dcm
+            ├── 00009.dcm
+            ├── 00010.dcm
+            ├── 00011.dcm
+            ├── 00012.dcm
+            ├── 00013.dcm
+            ├── 00014.dcm
+            ├── 00015.dcm
+            ├── 00016.dcm
+            └── Untitled.nii.gz
+```