## Training/Validation Data

#### Running command below will launch training and validation based on config files

`python -m adpkd_segmentation.train --config --config path_to_config_yaml --makelinks`

Note: Data source path can be changed in `adpkd_segmentation/data/data_config.py`

### Overview of dataprocessing

* Dicom files are annotated in ITK-Snap with masks saved as `Untitled.nii.gz`. Unprocessed files are stored in `data/unprocessed`.

* Unprocessed files are processed using `adpkd_segmentation/process_nifti.py`. Processed files are stored in `data/processed`.

* Path to processed data is defined in `adpkd_segmentation/data/data_config.py`

```

.

├── processed # Format used for model training

│   └── ADPKD-EXAM__AXL-FIESTA 

│       ├── DICOM_anon

│       │   ├── 00001.dcm

│       │   ├── 00002.dcm

│       │   ├── 00003.dcm

│       │   ├── 00004.dcm

│       │   ├── 00005.dcm

│       │   ├── 00006.dcm

│       │   ├── 00007.dcm

│       │   ├── 00008.dcm

│       │   ├── 00009.dcm

│       │   ├── 00010.dcm

│       │   ├── 00011.dcm

│       │   ├── 00012.dcm

│       │   ├── 00013.dcm

│       │   ├── 00014.dcm

│       │   ├── 00015.dcm

│       │   └── 00016.dcm

│       ├── Ground

│       │   ├── 00001.png

│       │   ├── 00002.png

│       │   ├── 00003.png

│       │   ├── 00004.png

│       │   ├── 00005.png

│       │   ├── 00006.png

│       │   ├── 00007.png

│       │   ├── 00008.png

│       │   ├── 00009.png

│       │   ├── 00010.png

│       │   ├── 00011.png

│       │   ├── 00012.png

│       │   ├── 00013.png

│       │   ├── 00014.png

│       │   ├── 00015.png

│       │   └── 00016.png

│       └── Nifti

│           └── Untitled.nii.gz

│

└── unprocessed  # Format generated by ITK-Snap 

    └── ADPKD-EXAM__AXL-FIESTA  

        └── DICOM_anon

            ├── 00001.dcm

            ├── 00002.dcm

            ├── 00003.dcm

            ├── 00004.dcm

            ├── 00005.dcm

            ├── 00006.dcm

            ├── 00007.dcm

            ├── 00008.dcm

            ├── 00009.dcm

            ├── 00010.dcm

            ├── 00011.dcm

            ├── 00012.dcm

            ├── 00013.dcm

            ├── 00014.dcm

            ├── 00015.dcm

            ├── 00016.dcm

            └── Untitled.nii.gz

```