Downloads: 1
61 lines (61 with data), 6.4 kB
o
÷®e& ã @ sÄ d dl Z d dlZd dlZd dlmZ d dlmZ d dlm Z d dl
Z
d dl Z d dl Z
d dlZd dlZd dlZd dlZd dlZd dlmZ d dlmZ d dlZd dlT d dlmZ G d d
d
eZ dS ) é N)ÚImage)ÚDataset)Ú
transforms)Úzoom)ÚOneOf)Ú*)ÚInterpolationModec sP e Zd Zdddddddgdgdd d
d d dd
f fdd Zdd Zdd Z ZS )Ú MRI_datasetÚtrainé2 é Fi ZfemurÚhipÚallTÚpointZ
largest_15é Nc ! sÌ t t ¡ | _| _| _| _| _| _|
_ g _
| _ | _ |
_
| _| _| _| _t|
D ] \}} j
||f¡ q8t|d}| ¡ d¡d d
_|dks_|dkr(g }t jD ]\}}| d¡d }tj tj j|¡¡rt tj j|¡¡ d¡}nt tj j d d
¡|¡¡ d¡}d j v r²t j t j |t!d d
kt!d }n
t j | j kt!d }| d
d krÏt "|¡d
krÏ| |¡ qft "|¡d
kríd} | D ] } | #| ¡d
kråd} qÚ| rí| |¡ qft$dt%|dt% j |dkr t&t't(t% jt'| } t) *| t!t%| d ¡} | | } fdd|D _|dkrYt+j,ddt+j-dddddt+j.dddg _/t+ 0t+j1| ddt+ 2d ¡g¡ _3t+ 4¡ g} nt+ 4¡ g} t+ 0| ¡ _5d S ) NÚrÚ
éÿÿÿÿÚdeleteÚ subsampleú r ÚLú 2D-slicesú2D-slices-generatedr ©Údtyper FTznum with non-empty masksznum with all masksç¹?c s g | ]} j | qS © )Ú data_list)Ú.0Úi©Úselfr úJc:\Users\zafry\Downloads\bone_paper_codes\bone_paper_codes\dataset_bone.pyÚ
<listcomp>I s z(MRI_dataset.__init__.<locals>.<listcomp>r
)Úpç333333Ó?)Ú
brightnessÚcontrastÚ
saturationÚhueç à?)çé?g333333ó?)Úscaleé- )6Úsuperr Ú__init__Ú
img_folderÚ mask_folderÚcropÚ crop_sizeÚphaseÚ channel_numÚtargetsZsegment_names_to_labelsÚargsÚclsÚ if_promptÚ region_typeÚ prompt_typeÚ
prompt_numÚif_attention_mapÚ enumerateÚappendÚopenÚreadÚsplitr ÚosÚpathÚexistsÚjoinr ÚconvertÚreplaceÚnpÚarrayÚintÚsumÚfindÚprintÚlenÚlistÚsetÚrangeÚrandomÚsampler ÚRandomEqualizeÚ ColorJitterÚRandomAdjustSharpnessÚaug_imgÚComposeÚRandomResizedCropÚRandomRotationÚtransform_spatialÚToTensorÚ
transform_img)!r" r8 r1 r2 Zimg_listr5 Z
sample_numr6 r3 r4 r7 Z part_listr9 r: r< r; r= Zdelete_empty_masksr> r ÚtagZ namefilesZkeep_idxÚidxÚdataÚ mask_pathÚmskÚmask_clsZif_keepÚpartZ empty_idxZkeep_empty_idxr_ ©Ú __class__r! r# r0 sv
$
þÿ ÿzMRI_dataset.__init__c C s
t | jS )N)rP r r! r r r# Ú__len__Y s
zMRI_dataset.__len__c " C sÔ | j | }| d¡d }| d¡d }| d¡d }z/tj tj | j|¡¡r6t tj | j|¡¡ d¡}nt tj | j
dd¡|¡¡ d¡}W n> t tj | j|¡¡}t j
|| ¡ | ¡ | ¡ d d t jd
}t |d d
d d
d f g d ¢¡}t |d¡}Y tj tj | j|¡¡r£t tj | j|¡¡ d ¡} nt tj | j
dd¡|¡¡ d ¡} | jrót| d
¡d d¡d }
t|
t| d } d | d
¡d d
¡d t| d } t t tj | j| ¡¡¡}
nt d¡}
t | j j | j j f¡|}t | j j | j j ft j ¡| } t ¡ }| j!r}|j"\}}td| j#| }td| j#| }|d |d ||d ||d f}tj$ %||dd¡}t &|¡ tj' (|| j#| j#f¡\}}}}tj$ !|||||¡}tj$ %| |dd¡} tj$ !| ||||¡} | j)dkrt *| j+¡}||}| ,|¡}| j)dkrÄt-t.jj/ddddt.jj0dd d d t.jj1dd t.jj2dd d gg d!¢d"}|| 3¡ }n| 4¡ d#k rØt5|}t.jj6d$d%|}d&| j7v rít j
t j
| td
dktd
} nt j
| td
} t j
| | j8ktd
}| j)dkrC| jd ksCt j9|t j:d d
d d
f ddd'}t ;| <d¡t |¡ <d¡fd¡}| =|¡} | d }t j
| d d >¡ td
}|| ¡ | ¡ | ¡ d }tj?g d(¢g d)¢d*|}| j@r×| jAd+kr¨tB|| jC| jDd,\} } tj3| d d
d d
f tjEd
} tj3| d d
df tjEd
} t <tj| tjFd
d¡} || | | ||
d-S | jAd.krÕtG|| jC| jDd,\} } tj3| tjEd
}!t <tj| tjFd
d¡} || |!||
d/S d S t <tj|tjFd
d¡} || ||
d0S )1Nr r r é ÚRGBr r g:0âyE>éÿ r )r r rj r ú-r Ú.é ú/Ú_z.npy)é@ rr é Úconstantr
r+ ç r )ÚprobÚmeanÚstdT)rv Zintensity_rangeZ channel_wise)Údegree)ru g ð?)rv Úalpha)r& r& çÉ?r{ )Úweightsg©?r, )Úgammar )Úaxis)g
×£p=
ß?gÉv¾/Ý?gClçûÙ?)g Zd;ßOÍ?gyé&1¬Ì?gÍÌÌÌÌÌÌ?)rw rx r )r; r= )ÚimageÚmaskÚ point_coordsÚ point_labelsÚimg_nameÚ atten_mapÚbox)r r Úboxesr r )r r r r )Hr rC rD rE rF rG r1 r rA rH rI rJ ÚloadrK ÚminÚmaxÚuint8ÚtileÚ fromarrayr2 r> rL ÚstrÚtorchÚtensorÚzerosr ÚResizer8 Ú
image_sizer ÚNEARESTÚ
get_rng_stater3 Úsizer4 Ú
functionalÚpadÚ
set_rng_stateÚ
RandomCropÚ
get_paramsr5 Ú RandomChoicerY r_ r ÚmonaiZRandGaussianNoiseZRandKSpaceSpikeNoiseZ
RandBiasFieldZRandGibbsNoiseÚ as_tensorrw Zmin_max_normalizeZAdjustContrastr7 r9 ÚrepeatÚnewaxisÚcatÚ unsqueezer] ÚdetachÚ Normalizer: r< Zget_first_promptr; r= ÚfloatÚlongZ
get_top_boxes)"r" Úindexrb Úimg_pathrc Ú slice_numÚimgZimg_arrZimg_3crd Zslice_idZslice_fractionÚimg_idÚ
attention_mapÚstateÚim_wÚim_hZdiff_wZdiff_hÚpaddingÚtÚlÚhÚwZ aug_img_fucZrandom_transformre Z both_targetsZtransformed_targetsÚpromptZmask_nowÚpcÚplr
r r r# Ú __getitem__\ s¾
$0" $ (
$
ýü $"
û üü ýzMRI_dataset.__getitem__)Ú__name__Ú
__module__Ú __qualname__r0 ri r· Ú
__classcell__r r rg r# r s 0Br ) rD r ÚnumpyrJ ÚPILr Útorch.utils.datar Ú torchvisionr Úcv2rT ÚtorchioÚtioÚslicerioÚnrrdr ÚpickleZnibabelZnibZ
scipy.ndimager Zmonai.transformsr ÚeinopsÚfuncsZtorchvision.transformsr r r r r r# Ú<module> s&