Downloads: 1
63 lines (63 with data), 6.4 kB
B
÷®e& ã @ sÄ d dl Z d dlZd dlZd dlmZ d dlmZ d dlm Z d dl
Z
d dl Z d dl Z
d dlZd dlZd dlZd dlZd dlZd dlmZ d dlmZ d dlZd dlT d dlmZ G d d
d
eZ dS ) é N)ÚImage)ÚDataset)Ú
transforms)Úzoom)ÚOneOf)Ú*)ÚInterpolationModec sP e Zd Zdddddddgdgdd d
d d dd
f fdd Zdd Zdd Z ZS )Ú MRI_datasetÚtrainé2 é Fi ZfemurÚhipÚallTÚpointZ
largest_15é Nc ! sè t t ¡ | _| _| _| _| _| _|
_ g _
| _ | _ |
_
| _| _| _| _x$t|
D ]\}} j
||f¡ qrW t|d}| ¡ d¡d d
_|dksÂ|dkrlg }x.t jD ] \}}| d¡d }tj tj j|¡¡r$t tj j|¡¡ d¡}n$t tj j d d
¡|¡¡ d¡}d j krrt j t j |t!d d
kt!d }nt j | j kt!d }| d
d kr°t "|¡d
kr°| |¡ qÔt "|¡d
krÔd} x"| D ]} | #| ¡d
krÈd} qÈW | rÔ| |¡ qÔW t$dt%|dt% j |dkrXt&t't(t% jt'| } t) *| t!t%| d ¡} | | } fdd|D _|dkrÎt+j,ddt+j-dddddt+j.dddg _/t+ 0t+j1| ddt+ 2d ¡g¡ _3t+ 4¡ g} n
t+ 4¡ g} t+ 0| ¡ _5d S ) NÚrÚ
éÿÿÿÿÚdeleteÚ subsampleú r ÚLz 2D-slicesz2D-slices-generatedr )Údtyper FTznum with non-empty masksznum with all masksg¹?c s g | ]} j | qS © )Ú data_list)Ú.0Úi)Úselfr úI/Users/hanxuegu/Documents/Documents/bone/bone_paper_codes/dataset_bone.pyú
<listcomp>I s z(MRI_dataset.__init__.<locals>.<listcomp>r
)Úpg333333Ó?)Ú
brightnessÚcontrastÚ
saturationÚhueg à?)gé?g333333ó?)Úscaleé- )6Úsuperr Ú__init__Ú
img_folderÚ mask_folderÚcropÚ crop_sizeÚphaseÚ channel_numÚtargetsZsegment_names_to_labelsÚargsÚclsÚ if_promptÚ region_typeÚ prompt_typeÚ
prompt_numÚif_attention_mapÚ enumerateÚappendÚopenÚreadÚsplitr ÚosÚpathÚexistsÚjoinr ÚconvertÚreplaceÚnpÚarrayÚintÚsumÚfindÚprintÚlenÚlistÚsetÚrangeÚrandomÚsampler ÚRandomEqualizeÚ ColorJitterÚRandomAdjustSharpnessÚaug_imgÚComposeÚRandomResizedCropÚRandomRotationÚtransform_spatialÚToTensorÚ
transform_img)!r r0 r) r* Zimg_listr- Z
sample_numr. r+ r, r/ Z part_listr1 r2 r4 r3 r5 Zdelete_empty_masksr6 r ÚtagZ namefilesZkeep_idxÚidxÚdataÚ mask_pathÚmskÚmask_clsZif_keepÚpartZ empty_idxZkeep_empty_idxrW )Ú __class__)r r r( sl
$
zMRI_dataset.__init__c C s
t | jS )N)rH r )r r r r Ú__len__Y s zMRI_dataset.__len__c " C sè | j | }| d¡d }| d¡d }| d¡d }y^tj tj | j|¡¡rlt tj | j|¡¡ d¡}n$t tj | j
dd¡|¡¡ d¡}W n t tj | j|¡¡}t j
|| ¡ | ¡ | ¡ d d t jd
}t |d d
d d
d f dddg¡}t |d¡}Y nX tj tj | j|¡¡rNt tj | j|¡¡ d ¡} n$t tj | j
dd¡|¡¡ d ¡} | jrðt| d ¡d
d¡d }
t|
t| d } d | d ¡d d
¡d t| d } t t tj | j| ¡¡¡}
n
t d¡}
t | j j | j j f¡|}t | j j | j j ft j ¡| } t ¡ }| j!r|j"\}}td| j#| }td| j#| }|d |d ||d ||d f}tj$ %||dd¡}t &|¡ tj' (|| j#| j#f¡\}}}}tj$ !|||||¡}tj$ %| |dd¡} tj$ !| ||||¡} | j)dkr$t *| j+¡}||}| ,|¡}| j)dkrt-t.jj/ddddt.jj0dd dd t.jj1dd t.jj2dd d gd d d!d!gd"}|| 3¡ }n(| 4¡ d#k r¾t5|}t.jj6d$d%|}d&| j7krèt j
t j
| td
dktd
} nt j
| td
} t j
| | j8ktd
}| j)dkr| jd kst j9|t j:d d
d d
f ddd'}t ;| <d¡t |¡ <d¡fd¡}| =|¡} | d }t j
| d d >¡ td
}|| ¡ | ¡ | ¡ d }tj?d(d)d*gd+d,d-gd.|}| j@r¾| jAd/krbtB|| jC| jDd0\} } tj3| d d
d d
f tjEd
} tj3| d d
d
f tjEd
} t <tj| tjFd
d¡} || | | ||
d1S | jAd2krätG|| jC| jDd0\} } tj3| tjEd
}!t <tj| tjFd
d¡} || |!||
d3S n&t <tj|tjFd
d¡} || ||
d4S d S )5Nr r r é ÚRGBz 2D-slicesz2D-slices-generatedg:0âyE>éÿ )r r ú-r Ú.é ú/Ú_z.npy)é@ ri é Úconstantr
g à?g g¹?)ÚprobÚmeanÚstdT)rl Úintensity_rangeZ channel_wise)Údegree)g g ð?)rl Úalphag333333Ó?gÉ?)Úweightsg©?gé?)Úgammar )Úaxisg
×£p=
ß?gÉv¾/Ý?gClçûÙ?g Zd;ßOÍ?gyé&1¬Ì?gÍÌÌÌÌÌÌ?)rm rn r )r3 r5 )ÚimageÚmaskÚ point_coordsÚ point_labelsÚimg_nameÚ atten_mapÚbox)ru rv Úboxesry rz )ru rv ry rz )Hr r; r< r= r> r? r) r r9 r@ rA rB ÚloadrC ÚminÚmaxÚuint8ÚtileÚ fromarrayr* r6 rD ÚstrÚtorchÚtensorÚzerosr ÚResizer0 Ú
image_sizer ÚNEARESTÚ
get_rng_stater+ Úsizer, Ú
functionalÚpadÚ
set_rng_stateÚ
RandomCropÚ
get_paramsr- Ú RandomChoicerQ rW r ÚmonaiZRandGaussianNoiseZRandKSpaceSpikeNoiseZ
RandBiasFieldZRandGibbsNoiseÚ as_tensorrm Zmin_max_normalizeZAdjustContrastr/ r1 ÚrepeatÚnewaxisÚcatÚ unsqueezerU ÚdetachÚ Normalizer2 r4 Zget_first_promptr3 r5 ÚfloatÚlongZ
get_top_boxes)"r ÚindexrZ Úimg_pathr[ Ú slice_numÚimgZimg_arrZimg_3cr\ Zslice_idZslice_fractionÚimg_idÚ
attention_mapÚstateÚim_wÚim_hZdiff_wZdiff_hÚpaddingÚtÚlÚhÚwZ aug_img_fucZrandom_transformr] Z both_targetsZtransformed_targetsÚpromptZmask_nowÚpcÚplr{ r r r Ú __getitem__\ s°
(0$ $ (
$
$"
zMRI_dataset.__getitem__)Ú__name__Ú
__module__Ú __qualname__r( r` r Ú
__classcell__r r )r_ r r s 0Br ) r< r ÚnumpyrB ÚPILr Útorch.utils.datar Ú torchvisionr Úcv2rL ÚtorchioÚtioÚslicerioÚnrrdr ÚpickleZnibabelZnibÚ
scipy.ndimager Zmonai.transformsr ÚeinopsÚfuncsZtorchvision.transformsr r r r r r Ú<module> s$