--- a +++ b/fetal_net/preprocess.py @@ -0,0 +1,27 @@ +from scipy import ndimage +import numpy as np + + +def norm_minmax(d): + return -1 + 2 * (d - d.min()) / (d.max() - d.min()) + + +def laplace(d): + return ndimage.laplace(d) + + +def laplace_norm(d): + return norm_minmax(laplace(d)) + + +from scipy.ndimage import gaussian_gradient_magnitude +def grad(d): + return gaussian_gradient_magnitude(d, sigma=(1,1,1)) + #grads = np.zeros_like(d) + #for a in range(d.squeeze().ndim): + # grads += np.power(ndimage.sobel(d.squeeze(), axis=a), 2) + #return np.sqrt(grads) + + +def grad_norm(d): + return norm_minmax(grad(d))