Sybil Training Parameters
Train Sybil on NLST
python train.py \
--dataset nlst \
--batch_size 3 \
--gpus 8 \
--precision 16 \
--max_followup 6 \
--img_file_type png \
--min_num_images 0 \
--num_images 200 \
--use_only_thin_cuts_for_ct \
--slice_thickness_filter 2.5 \
--resample_pixel_spacing_prob 0.5 \
--use_annotations \
--region_annotations_filepath /path/to/annot_dir/annotations_122020.json \
--img_mean 128.1722 \
--img_std 87.1849 \
--img_size 256 256 \
--num_chan 3 \
--limit_train_batches 0.5 \
--limit_val_batches 1.0 \
--max_epochs 10 \
--init_lr 3e-5 \
--lr_decay 0.1 \
--weight_decay 1e-2 \
--momentum 0.9 \
--dropout 0.1 \
--optimizer adam \
--patience 5 \
--tuning_metric c_index \
--num_workers 3 \
--profiler simple \
--num_sanity_val_steps 0 \
--save_dir /path/to/model_dir/sybil1 \
--img_dir /path/to/img_dir/nlst-ct-png \
--results_path /path/to/results_dir/sybil.results \
--cache_path /path/to/cache_dir \
> /path/to/log_dir/sybil.txt 2>&1