1 |
Overview |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
2 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
3 |
This document outlines the code and associated data files for "start-to-finish" process of data curation for each of the following: |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
4 |
nan |
adult inpatient encounter cohort |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
5 |
nan |
patient features |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
6 |
nan |
model outcome |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
7 |
nan |
model labels and features |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
8 |
nan |
ICU admission model |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
9 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
10 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
11 |
data_pipeline |
nan |
cohort |
nan |
model_features(design_matrix) |
nan |
nan |
model |
12 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
13 |
nan |
nan |
patient features |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
14 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
15 |
nan |
nan |
outcome |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
16 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
17 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
18 |
nan |
Raw data pipeline files(db file) are used to identify cohort encounter ids that meet specific criteria: all adult inpatient encounters at DUH, DRH, DRAH 10/2014 - 08/2018 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
19 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
20 |
nan |
Features(data elements) are pulled from raw data pipeline files using cohort patient ids |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
21 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
22 |
nan |
Generate outcome label and timestamp from raw data pipeline files: first ICU admission during each encounter stay for Model V1 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
23 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
24 |
nan |
Generate design matrix for the model |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
25 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
26 |
nan |
adult decompensation model (ICU admission within 24 hours) |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
27 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
28 |
Last Revision: Aug 10, 2019 |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
29 |
Ziyuan Shen |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |
nan |