import argparse

import subprocess

import pkg_resources

def main():

    parser = argparse.ArgumentParser()

    parser.add_argument('-i', '--cgit_file', required=True)

    parser.add_argument('-o', '--output_dir', required=True)

    parser.add_argument('--random_state', type=int, default=42)

    parser.add_argument('--test_size', type=float, default=0.3)

    parser.add_argument('--n_splits', type=int, default=5)

    parser.add_argument('--normalize', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_rfe', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_pearson', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_chi2', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_anova', action='store_true')

    parser.add_argument('--voting', type=str, default='soft')

    parser.add_argument('--no_rf', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_svm', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_xgb', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_knn', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_mlp', action='store_true')

    parser.add_argument('--tune', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_igenes', action='store_true')

    parser.add_argument('--no_visualization', action='store_true')

    args = parser.parse_args()

    selection_path = pkg_resources.resource_filename('intelligenes', 'selection.py')

    selection_args = [

        'python', selection_path,

        '-i', args.cgit_file,

        '-o', args.output_dir,

        '--random_state', str(args.random_state),

        '--test_size', str(args.test_size),

    ]

    if args.normalize:

        selection_args.append('--normalize')

    if args.no_rfe:

        selection_args.append('--no_rfe')

    if args.no_pearson:

        selection_args.append('--no_pearson')

    if args.no_chi2:

        selection_args.append('--no_chi2')

    if args.no_anova:

        selection_args.append('--no_anova')

    selection = subprocess.run(selection_args, capture_output=True, text=True)

    print(selection.stdout)

    selection_output = selection.stdout.strip().split('\n')

    for line in selection_output:

        if line.startswith(" Selected Features:"):

            features_file = line.split(":")[1].strip()

            break

    classification_path = pkg_resources.resource_filename('intelligenes', 'classification.py')

    classification_args = [

        'python', classification_path,

        '-i', args.cgit_file,

        '-f',features_file,

        '-o', args.output_dir,

        '--random_state', str(args.random_state),

        '--test_size', str(args.test_size),

        '--n_splits', str(args.n_splits),

        '--voting', args.voting,

    ]

    if args.no_rf:

        classification_args.append('--no_rf')

    if args.no_svm:

        classification_args.append('--no_svm')

    if args.no_xgb:

        classification_args.append('--no_xgb')

    if args.no_knn:

        classification_args.append('--no_knn')

    if args.no_mlp:

        classification_args.append('--no_mlp')

    if args.tune:

        classification_args.append('--tune')

    if args.normalize:

        classification_args.append('--normalize')

    if args.no_igenes:

        classification_args.append('--no_igenes')

    if args.no_visualization:

        classification_args.append('--no_visualization')

    subprocess.check_call(classification_args)

if __name__ == '__main__':

    main()