a ß e¦B ã @ s d dl Zd dlZd dlZd dlZd dlZd dlZd dl m Z d dlmZ d dl Z d dlmZ d dlmZ d dlZd dlZd dlZd dlmZ dd Zdd Zd d Zdd Zdd Zdd Zdd Zdd Zdd Z dd Z!dd Z"dd Z#dd Z$d d! Z%d"d# Z&dS )$é N)Ú PyntCloud)Úresize)Útqdm)ÚImagec C s$ | j \}}}t | ||| f¡}|S ©N)ÚshapeÚnpÚreshape)Úarray_3dÚdepthÚheightÚwidthZarray_2d© r ú:d:\MRI - Tairawhiti (User POV)\Model Code\preprocessing.pyÚflatten_3d_to_2d s r c C s` | d¡}t|dk rd S |d ¡ }zt|d }W n tyJ Y d S 0 | d|d}|S )NÚ_é éþÿÿÿr Z03d)ÚsplitÚlenÚupperÚintÚ ValueError)Zinput_stringÚpartsÚprefixZnumber_partZ new_stringr r r Útransform_string s r c C s g }| D ]}| |¡ q|S r )Úextend)ÚarrÚ flattenedÚrowr r r Úflatten_2d_array- s r c C s2 g }t | ¡D ]\}}}|D ]}| |¡ qq|S r )ÚosÚwalkÚappend)Ú directoryZfolder_namesÚrootÚdirsÚfilesÚfolderr r r ÚListFolders5 s r) c C s g }t | ¡}t|}|D ]h}t j | |¡}t j |¡r| d¡rzt |¡}| |¡ W q tj jy td| d Y q0 q|S )Nz.dcmzSkipping file: z. It is not a valid DICOM file.) r! ÚlistdirÚsortedÚpathÚjoinÚisfileÚendswithÚpydicomÚdcmreadr# ÚerrorsÚInvalidDicomErrorÚprint)r$ Údicom_filesr'