Datasets
Models
Downloads: 1
[ffcb78]:
/
Preprocessing Medical Data Pipeline /
__pycache__ /
preparingTestInstance.cpython-311.pyc
20 lines (20 with data), 5.4 kB
§
NÚñd
ã ó4 d dl Zd dlZd dlZd dlZd dlZd ZdS )é Nc óè
d |¦ « }d
d
fd}d }|D ]È} |||¦ « }|t | ¦ « d
}t j |¦ « }| d¦ « }|dz }t j |d¬ ¦ « }t
d
|j ¦ « | d ¦ « d }d
t |¦ « ¦ « } ||||¦ « Éd S )Nz,{}/Patient Segmentation Tasks (Google Colab)c ó² g }t j | ¦ « }t |¦ « }|D ]®}t j | |¦ « }t j |¦ « rm| d¦ « rX t j |¦ « }| |¦ « # t j
j $ r t d| d¦ « Y ªw xY w¯|S )Nz.dcmzSkipping file: z . It is not a valid DICOM file.)
ÚosÚlistdirÚsortedÚpathÚjoinÚisfileÚendswithÚpydicomÚdcmreadÚappendÚerrorsÚInvalidDicomErrorÚprint)Ú directoryÚ dicom_filesÚfilesÚ sorted_filesÚfilenameÚfilepathÚ
dicom_files úBD:\MRI - Tairawhiti (User POV)\Model Code\preparingTestInstance.pyÚread_dicom_filesz-preprocessTestScans.<locals>.read_dicom_files së Ø Ý
9Ñ%Ô%Ý e}} Ø$ð Wð WHÝw|| I¨xÑ8Ô8HÝw~~hÑ'Ô'ð
W¨H×,=Ò,=¸fÑ,EÔ,Eð
WðWÝ!(¤ °Ñ!:Ô!:JØ ×&Ò& zÑ2Ô2Ð2Ð2øÝ ~Ô7ð Wð Wð WÝÐU¨HÐUÐUÐUÑVÔVÐVÐVÐVðWøøøøàÐs Á?)B)Â)'CÃCc ó> g }| D ]}| |¦ « |S )N)Úextend)ÚarrÚ flattenedÚrows r Úflatten_2d_arrayz-preprocessTestScans.<locals>.flatten_2d_array s3 Ø Øð "ð "CØ × Ò SÑ !Ô !Ð !Ð !ØÐó c óÊ t d|¦ « g }g }g }g }g }g }| d |¦ « z }
|¦ « }t t |¦ « ¦ « D ]"} | || j ¦ « #| |¦ « |¦ « }
t
j |
¦ « }
| d |¦ « z }t t |¦ « ¦ « D ]b} | || j ¦ « | || j ¦ « | || j
¦ « ct j |g d¢¬¦ « } |
S )NzPatient Scan Data: z/Raw DICOM MRI Scans/{}z/{})ÚxÚyÚz)Úcolumns)
r ÚformatÚrangeÚlenr Ú pixel_arrayÚnpÚarrayÚImagePositionPatientÚImageOrientationPatientÚ PixelSpacingÚpdÚ DataFrame)Ú
scans_pathÚfoldersÚscan_pixel_dataÚscan_coordinate_dataÚsingle_scan_pixel_dataÚscan_orientation_dataÚscan_pixelspacing_dataÚsingle_paitent_scans_pathr ÚiÚtraining_scansÚ
coord_datar r s r ÚReadIn_MRIScans_Masksz2preprocessTestScans.<locals>.ReadIn_MRIScans_Masks$ s ø Ý
Ð# WÑ-Ô-Ð-Ø Ø !Ð Ø!#Ð Ø !Ð Ø "Ð Ø!#Ð ð &0Ð3L×2TÒ2TÐU\Ñ2]Ô2]Ñ%]Ð!Ø&Ð&Ð'@ÑAÔA õ KÑ(Ô(Ñ)Ô)ð Fð FAØ "× )Ò )¨+°a¬.Ô*DÑ EÔ EÐ EÐ EØ× Ò Ð 5Ñ6Ô6Ð6à)Ð)¨/Ñ:Ô:Ý .Ñ1Ô1ð &0°%·,²,¸wÑ2GÔ2GÑ%GÐ!ÝKÑ(Ô(Ñ)Ô)ð Gð GAØ × 'Ò '¨ °A¬Ô(KÑ LÔ LÐ LØ !× (Ò (¨°Q¬ Ô)OÑ PÔ PÐ PØ "× )Ò )¨+°a¬.Ô*EÑ FÔ FÐ FÐ Få\Ð"6ÀÀÀÐPÑPÔP
Ø Ð r! c ó8 t j | t j d¦ « ¬¦ « }d ||¦ « }t j ||¦ « t
d|j ¦ « t
d |¦ « ¦ « t
d¦ « d S )Né )Úaffinez{}/msk_{}.nii.gzz)Conversion to NIfTI complete with shape: z.Successfully Exported Preprocessed Data! -> {}ú
)ÚnibÚ Nifti1Imager+ Úeyer' Úsaver Úshape)Ú
imgs_trainr2 Ú colab_fnameÚ
nii_img_trainÚoutput_file_paths r ÚExport2CompressedNifitiz4preprocessTestScans.<locals>.Export2CompressedNifitiC s ݨ
½2¼6À!¹9¼9ÐEÑEÔE
Ø .×6Ò6°zÀ;ÑOÔOÐÝ Ð 0Ñ1Ô1Ð1å
Ð9¸=Ô;NÑOÔOÐOÝ
Ð?×GÒGÐHXÑYÔYÑZÔZÐZÝ
d r! éÿÿÿÿÚfloat32g ào@)Úaxisz Prediction Input Scan Shape: Ú_r z{:03d}) r' Úintr+ r, ÚastypeÚ expand_dimsr rF Úsplit) Ú cutoffSliceÚ seg_scan_dirr3 Úoutput_seg_scan_dirr= rK ÚpatientÚpatient_scan_dataÚscan_idx_fnamecolabr r s @@r ÚpreprocessTestScansrZ sX øø ØI×QÒQÐR^Ñ_Ô_Ðð ð ð ð ð ð ð ð ð ð ð ð ð>ð ð ð ð ]ð ]Ø 1Ð 1°,ÀÑ HÔ HÐà -s°;Ñ/?Ô/?ÀÐ.CÔ DÐå HÐ%6Ñ 7Ô 7ÐØ -× 4Ò 4°YÑ ?Ô ?ÐØTÑ!Ðå NÐ+<À2Ð FÑ FÔ FÐÝ
Ð-Ð/@Ô/FÑGÔGÐGð '}}¨SÑ 1Ô 1°1Ô 5ÐØ &oocÐ2EÑ.FÔ.FÑ GÔ GÐØ Ð Ð 1Ð3FÐH[Ñ\Ô\Ð\Ð\ð ]ð ]r! ) Únumpyr+ r r Úpandasr0 ÚnibabelrB rZ © r! r ú<module>r_ s` ðð Ð Ð Ð Ø Ø Ø Ð Ð Ð Ø Ð Ð Ð ðN]ð N]ð N]ð N]ð N]r!