Datasets
Models
Downloads: 1
26 lines (26 with data), 6.7 kB
§
á¼eú ã ó< d dl Zd dlZd dlmZ d dlZd dlm Z d Z
dS )é N)Úuniform_resizingc ó t j |¦ « } d} t d| ¦ « g }
| D ]R}|d |¦ « z }t j |¦ « }t |¦ « }|
|¦ « St
|
¦ « }t d|¦ « i }t |
¦ « D ]\ }}|D ]}| d¦ « }t
|¦ « dk rV|d d¦ « d }t |¦ « }||v r || |¦ « z|g||< d }|| D ]´}t |¦ « t j d || d¦ « d |¦ « ¦ « }| ¦ «
t j ¦ « }| d¦ « d }|
d
k rft j |d ¬ ¦ « }| ddd
d¦ « }t d ||j ¦ « ¦ « t' || ¦ « }|dk rt j |dk |d¦ « }|dk rt j |dk |d¦ « }|dk rt j |dk |d¦ « }|dk rt j |dk |d¦ « }||}||z
}t j |¦ « }d|||k < ¶| d
k r>d} t j |¦ « }t j t j |dk ¦ « ¦ « } | j dk rt1 | d ¦ « } nd } | j dk rt1 | d ¦ « } nd } t | ¦ « t | ¦ « | d t | ¦ « z
} | d t | ¦ « z }!t d| ¦ « t d|!¦ « d |¦ « }|| |!
d d
d d
d d
f }t j d | |¦ « ¦ « }"|" ¦ « }#|
d
k r¡t j |#d ¬ ¦ « }#|# ddd
d¦ « }#t d|#j ¦ « t' |#| ¦ « }#|#
d¦ « }#|#t j |#¦ « z }#t dt j |#¦ « ¦ « |#| |!
d d
d d
d d
f }#t d|#j ¦ « t d |j ¦ « |
t ¦ « }t j ||j ¦ « }$t d t j |¦ « ¦ « t j |$d ||¦ « ¦ « t j |#|"j ¦ « }$t j |$d ||¦ « ¦ « t d | d ||¦ « | ¦ « ¦ « t d ¦ « d S ) Né z&Regions of Interest for Segmentation: z/{}z Number of Segmentation Classes: Ú_é ú.r z{}/{}/{}Téÿÿÿÿ)Úaxisé é z Unprocessed {} Mask Shape: {}ÚTIBIAÚFEMURÚFIBULAÚPELVISz+AOI Slice Start (Final with Thresholding): z)AOI Slice End (Final with Thresholding): z{:03d}z{}/msk_{}.nii.gzzUnprocessed Scan Shape: Úfloat32zMax Pixel Value in Scan: z"Final Training Scans Input Shape: z"Final Training Masks Input Shape: zMulti-class Labels: z`MSK Multiclass Mask Made Using {}, Saved To {}, and Region of Interest Slice Thresholding = {} !ú
) ÚosÚlistdirÚprintÚformatÚsortedÚappendÚlenÚ enumerateÚsplitÚintÚnibÚloadÚ get_fdataÚastypeÚnpÚuint8Ú expand_dimsÚ transposeÚshaper ÚwhereÚarrayÚnonzeroÚsizeÚtupleÚmaxÚ Nifti1ImageÚaffineÚuniqueÚsave)%Úinput_scan_dirÚscan_dirÚ directoryÚ
mask_indexÚTIBIA_encodingÚFEMUR_encodingÚFIBULA_encodingÚPELVIS_encodingÚ
output_dirÚAOIThresholdingÚFriedLanderDatasetÚ
aoi_fnamesÚ
resizing_sizeÚfnamesÚ aoi_fnameÚ
directory_aoiÚn_segmentation_classesÚsuffix_index_dictÚidxÚ file_listÚfilenameÚpartsÚ suffix_indexÚ
combined_maskÚ
fname_maskÚmaskÚ mask_dataÚaoiÚ thresholdÚindicesÚfirst_non_zero_index_2dÚlast_non_zero_index_2dÚfirst_slice_aoiÚlast_slice_aoiÚscanÚ scan_dataÚ combined_imgs% ú:D:\MRI - Tairawhiti (User POV)\Model Code\MSKMulticlass.pyÚCreateMasks4MulticlassMSKrV sm ÝIÑ&Ô&JØMÝ Ð
2°JÑ?Ô?Ð?à
FØ ð !ð ! Ø" e§^¢^°IÑ%>Ô%>Ñ>
ÝJ}Ñ-Ô- Ý9Ñ%Ô% Ø
iÑ Ô Ð Ð å [[ÐÝ Ð
,Ð.DÑEÔEÐEð ÐÝ# FÑ+Ô+ð Að AYØ!ð
Að
AHà NN 3Ñ'Ô'EÝ5zzA~~Ø $ Qx~~¨cÑ 2Ô 2°1Ô 5 Ý " <Ñ 0Ô 0 à Ð#4Ð4Ð4Ø% lÔ3×:Ò:¸8ÑDÔDÐDÐDà7?°jÐ% lÑ3øð
Að MØ'¨
Ô3ð Fñ F
Ý
jÑÔÐÝx×+Ò+¨I¸
×8HÒ8HÈÑ8MÔ8MÈqÔ7QÐS]Ñ^Ô^Ñ_Ô_ØNNÑ$Ô$×+Ò+B¬HÑ5Ô5 Ø× Ò Ñ$Ô$ aÔ(à $Ò &Ð &Ý y¸Ð<Ñ<Ô<IØ!×+Ò+¨A¨q°!°QÑ7Ô7IÝ Ð2×:Ò:¸3À ÄÑPÔPÑ QÔ QÐ QÝ(¨°MÑBÔBIð
7NNÝ ¨a¢ ° ÀÑCÔCIØ 7NNÝ ¨a¢ ° ÀÑCÔCIØ 8OOÝ ¨a¢ ° À!ÑDÔDIØ 8OOÝ ¨a¢ ° À!ÑDÔDIØ Ð Ø %MMà YÑ &MÝ H ]Ñ 3Ô 3MØDEM-Ð*@Ò@Ñ AÑ Aà4Ò Ñ Ø å Ñ/Ô/
Ý,rz¨-¸1Ò*<Ñ =Ô =Ñ>Ô>Ø <!Ò Ð Ý&+¨G°A¬JÑ&7Ô&7Ð #Ð #à&*Ð #à <!Ò Ð Ý%*¨7°2¬;Ñ%7Ô%7Ð "Ð "à%)Ð "õ Ð%Ñ&Ô&Ð&Ý
Ð$Ñ%Ô%Ð%Ø2°1Ô5½¸Y¹ ¼ ÑGØ0°Ô3µs¸9±~´~ÑEÝ
Ð;¸_ÑMÔMÐMÝ
Ð9¸>ÑJÔJÐJà __ ZÑ0Ô0
Ø% o°nÐ&DÀaÀaÀaÈÈÈÈAÈAÈAÐ&MÔN
ÝxÐ+×3Ò3°NÀJÑOÔOÑPÔPØNNÑ$Ô$ ð
$Ò &Ð &Ý y¸Ð<Ñ<Ô<IØ!×+Ò+¨A¨q°!°QÑ7Ô7IÝ Ð,¨i¬oÑ >Ô >Ð >Ý(¨°MÑBÔBIØ!×(Ò(¨Ñ3Ô3IØ Ñ*Ô*Ñ *IÝ Ð-r¬v°iÑ/@Ô/@Ñ AÔ AÐ Aà o¨nÐ <¸a¸a¸aÀÀÀÀAÀAÀAÐ EÔF Ý
Ð2°I´OÑDÔDÐDÝ
Ð2°MÔ4GÑHÔHÐHð "×(Ò(Ñ-Ô-MÝ? =°$´+Ñ>Ô>LÝ Ð
¥"¤)¨MÑ":Ô":Ñ;Ô;Ð;ÝH\Ð .×6Ò6°zÀ:ÑNÔNÑOÔOÐOå? 9¨d¬kÑ:Ô:LÝH\Ð .×6Ò6°xÀÑLÔLÑMÔMÐMå Ð m×
uÒ
uð wAð DV÷ C^ò C^ð _ið kuñ Cvô Cvð xGñ Hô Hñ Iô Ið IÝ $KKKKKó ) Únumpyr! Únibabelr Úmatplotlib.pyplotÚpyplotÚpltr Úimage_preprocessingr rV © rW rU ú<module>r_ sh ðØ Ð Ð Ð Ø Ð Ð Ð Ø Ð Ð Ð Ð Ð Ø Ø 0Ð 0Ð 0Ð 0Ð 0Ð 0ðtð tð tð tð trW