|
a |
|
b/tach.toml |
|
|
1 |
interfaces = [] |
|
|
2 |
exclude = [ |
|
|
3 |
"**/*__pycache__", |
|
|
4 |
"**/*egg-info", |
|
|
5 |
"LICENSE", |
|
|
6 |
"build", |
|
|
7 |
"docs", |
|
|
8 |
"tests", |
|
|
9 |
"venv", |
|
|
10 |
] |
|
|
11 |
source_roots = [ |
|
|
12 |
"sub-packages/bionemo-core/src", |
|
|
13 |
"sub-packages/bionemo-esm2/src", |
|
|
14 |
"sub-packages/bionemo-evo2/src", |
|
|
15 |
"sub-packages/bionemo-example_model/src", |
|
|
16 |
"sub-packages/bionemo-fw/src", |
|
|
17 |
"sub-packages/bionemo-geneformer/src", |
|
|
18 |
"sub-packages/bionemo-geometric/src", |
|
|
19 |
"sub-packages/bionemo-llm/src", |
|
|
20 |
"sub-packages/bionemo-scdl/src", |
|
|
21 |
"sub-packages/bionemo-size-aware-batching/src", |
|
|
22 |
"sub-packages/bionemo-testing/src", |
|
|
23 |
"sub-packages/bionemo-webdatamodule/src", |
|
|
24 |
] |
|
|
25 |
|
|
|
26 |
[[modules]] |
|
|
27 |
path = "bionemo.core" |
|
|
28 |
depends_on = [] |
|
|
29 |
|
|
|
30 |
[[modules]] |
|
|
31 |
path = "bionemo.esm2" |
|
|
32 |
depends_on = [ |
|
|
33 |
"bionemo.core", |
|
|
34 |
"bionemo.llm", |
|
|
35 |
] |
|
|
36 |
|
|
|
37 |
[[modules]] |
|
|
38 |
path = "bionemo.evo2" |
|
|
39 |
depends_on = [ |
|
|
40 |
"bionemo.noodles", |
|
|
41 |
"bionemo.core", |
|
|
42 |
"bionemo.llm", |
|
|
43 |
] |
|
|
44 |
|
|
|
45 |
[[modules]] |
|
|
46 |
path = "bionemo.example_model" |
|
|
47 |
depends_on = [ |
|
|
48 |
"bionemo.core", |
|
|
49 |
"bionemo.llm", |
|
|
50 |
] |
|
|
51 |
|
|
|
52 |
[[modules]] |
|
|
53 |
path = "bionemo.fw" |
|
|
54 |
depends_on = [ |
|
|
55 |
"bionemo.core", |
|
|
56 |
"bionemo.esm2", |
|
|
57 |
"bionemo.geneformer", |
|
|
58 |
"bionemo.geometric", |
|
|
59 |
"bionemo.llm", |
|
|
60 |
"bionemo.noodles", |
|
|
61 |
"bionemo.noodles", |
|
|
62 |
"bionemo.scdl", |
|
|
63 |
"bionemo.size_aware_batching", |
|
|
64 |
"bionemo.webdatamodule", |
|
|
65 |
] |
|
|
66 |
|
|
|
67 |
[[modules]] |
|
|
68 |
path = "bionemo.geneformer" |
|
|
69 |
depends_on = [ |
|
|
70 |
"bionemo.core", |
|
|
71 |
"bionemo.llm", |
|
|
72 |
"bionemo.scdl", |
|
|
73 |
] |
|
|
74 |
|
|
|
75 |
[[modules]] |
|
|
76 |
path = "bionemo.geometric" |
|
|
77 |
depends_on = [ |
|
|
78 |
"bionemo.core", |
|
|
79 |
] |
|
|
80 |
|
|
|
81 |
[[modules]] |
|
|
82 |
path = "bionemo.llm" |
|
|
83 |
depends_on = [ |
|
|
84 |
"bionemo.core", |
|
|
85 |
] |
|
|
86 |
|
|
|
87 |
[[modules]] |
|
|
88 |
path = "bionemo.noodles" |
|
|
89 |
depends_on = [ |
|
|
90 |
"bionemo.core", |
|
|
91 |
] |
|
|
92 |
|
|
|
93 |
[[modules]] |
|
|
94 |
path = "bionemo.scdl" |
|
|
95 |
depends_on = [ |
|
|
96 |
"bionemo.core", |
|
|
97 |
] |
|
|
98 |
|
|
|
99 |
[[modules]] |
|
|
100 |
path = "bionemo.size_aware_batching" |
|
|
101 |
depends_on = [ |
|
|
102 |
"bionemo.core", |
|
|
103 |
] |
|
|
104 |
|
|
|
105 |
[[modules]] |
|
|
106 |
path = "bionemo.testing" |
|
|
107 |
depends_on = [ |
|
|
108 |
"bionemo.core", |
|
|
109 |
"bionemo.llm", |
|
|
110 |
] |
|
|
111 |
|
|
|
112 |
[[modules]] |
|
|
113 |
path = "bionemo.webdatamodule" |
|
|
114 |
depends_on = [ |
|
|
115 |
"bionemo.core", |
|
|
116 |
"bionemo.llm", |
|
|
117 |
] |