--- a +++ b/tach.toml @@ -0,0 +1,117 @@ +interfaces = [] +exclude = [ + "**/*__pycache__", + "**/*egg-info", + "LICENSE", + "build", + "docs", + "tests", + "venv", +] +source_roots = [ + "sub-packages/bionemo-core/src", + "sub-packages/bionemo-esm2/src", + "sub-packages/bionemo-evo2/src", + "sub-packages/bionemo-example_model/src", + "sub-packages/bionemo-fw/src", + "sub-packages/bionemo-geneformer/src", + "sub-packages/bionemo-geometric/src", + "sub-packages/bionemo-llm/src", + "sub-packages/bionemo-scdl/src", + "sub-packages/bionemo-size-aware-batching/src", + "sub-packages/bionemo-testing/src", + "sub-packages/bionemo-webdatamodule/src", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.core" +depends_on = [] + +[[modules]] +path = "bionemo.esm2" +depends_on = [ + "bionemo.core", + "bionemo.llm", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.evo2" +depends_on = [ + "bionemo.noodles", + "bionemo.core", + "bionemo.llm", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.example_model" +depends_on = [ + "bionemo.core", + "bionemo.llm", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.fw" +depends_on = [ + "bionemo.core", + "bionemo.esm2", + "bionemo.geneformer", + "bionemo.geometric", + "bionemo.llm", + "bionemo.noodles", + "bionemo.noodles", + "bionemo.scdl", + "bionemo.size_aware_batching", + "bionemo.webdatamodule", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.geneformer" +depends_on = [ + "bionemo.core", + "bionemo.llm", + "bionemo.scdl", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.geometric" +depends_on = [ + "bionemo.core", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.llm" +depends_on = [ + "bionemo.core", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.noodles" +depends_on = [ + "bionemo.core", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.scdl" +depends_on = [ + "bionemo.core", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.size_aware_batching" +depends_on = [ + "bionemo.core", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.testing" +depends_on = [ + "bionemo.core", + "bionemo.llm", +] + +[[modules]] +path = "bionemo.webdatamodule" +depends_on = [ + "bionemo.core", + "bionemo.llm", +]