--- a +++ b/4-Multi-Omic Integration/datasets/bin_species.txt @@ -0,0 +1,277 @@ +Bin Species +bin.708 Acinetobacter_baumannii +bin.283 Actinomyces_oris +bin.812 Actinomyces_oris +bin.476 Actinomyces_pacaensis +bin.754 Actinomyces_pacaensis +bin.1 Actinomyces_sp_oral_taxon_897 +bin.847 Actinomyces_viscosus +bin.833 Aggregatibacter_aphrophilus +bin.418 Aggregatibacter_aphrophilus +bin.172 Bacteroides_heparinolyticus +bin.39 Campylobacter_concisus +bin.543 Campylobacter_concisus +bin.262 Campylobacter_showae +bin.511 Campylobacter_showae +bin.326 Campylobacter_showae +bin.348 Capnocytophaga_gingivalis +bin.693 Capnocytophaga_leadbetteri +bin.58 Escherichia_coli +bin.487 Escherichia_coli +bin.946 Fusobacterium_necrophorum +bin.369 Fusobacterium_periodonticum +bin.1192 Fusobacterium_periodonticum +bin.15 Fusobacterium_periodonticum +bin.475 Gardnerella_vaginalis +bin.856 Gemella_haemolysans +bin.134 Gemella_haemolysans +bin.353 Gemella_morbillorum +bin.160 Haemophilus_influenzae +bin.271 Haemophilus_influenzae +bin.106 Haemophilus_influenzae +bin.297 Haemophilus_influenzae +bin.9 Haemophilus_influenzae +bin.424 Haemophilus_parahaemolyticus +bin.275 Haemophilus_parahaemolyticus +bin.88 Haemophilus_parahaemolyticus +bin.867 Haemophilus_parahaemolyticus +bin.889 Haemophilus_parainfluenzae +bin.75 Haemophilus_parainfluenzae +bin.740 Haemophilus_parainfluenzae +bin.337 Haemophilus_parainfluenzae +bin.164 Haemophilus_parainfluenzae +bin.925 Haemophilus_parainfluenzae +bin.78 Haemophilus_parainfluenzae +bin.1374 Haemophilus_parainfluenzae +bin.239 Lachnoanaerobaculum_umeaense +bin.572 Lachnoanaerobaculum_umeaense +bin.167 Lachnoanaerobaculum_umeaense +bin.131 Lachnospiraceae_bacterium +bin.626 Lachnospiraceae_bacterium_GAM79 +bin.498 Lachnospiraceae_bacterium_oral_taxon_500 +bin.282 Lachnospiraceae_bacterium_oral_taxon_500 +bin.93 Lactobacillus_salivarius +bin.158 Lactobacillus_salivarius +bin.333 Lactobacillus_salivarius +bin.114 Lautropia_mirabilis +bin.910 Lautropia_mirabilis +bin.582 Lautropia_mirabilis +bin.744 Leptotrichia_sp_oral_taxon_212 +bin.496 Leptotrichia_sp_oral_taxon_212 +bin.896 Leptotrichia_sp_oral_taxon_498 +bin.374 Leptotrichia_wadei +bin.338 Megasphaera_hexanoica +bin.491 Mogibacterium_diversum +bin.396 Mogibacterium_diversum +bin.165 Mogibacterium_diversum +bin.196 Mogibacterium_diversum +bin.1301 Mogibacterium_diversum +bin.508 Mogibacterium_diversum +bin.519 Mogibacterium_diversum +bin.1000 Mogibacterium_diversum +bin.382 Mogibacterium_diversum +bin.18 Mogibacterium_diversum +bin.244 Mogibacterium_diversum +bin.570 Mogibacterium_diversum +bin.663 Mogibacterium_diversum +bin.751 Mogibacterium_diversum +bin.224 Moraxella_catarrhalis +bin.887 Moraxella_catarrhalis +bin.317 Moraxella_catarrhalis +bin.255 Moraxella_catarrhalis +bin.563 Moraxella_catarrhalis +bin.467 Neisseria_elongata +bin.152 Neisseria_meningitidis +bin.530 Neisseria_mucosa +bin.95 Neisseria_mucosa +bin.293 Neisseria_mucosa +bin.584 Neisseria_mucosa +bin.948 Neisseria_subflava +bin.453 Neisseria_subflava +bin.70 Neisseria_subflava +bin.248 Neisseria_subflava +bin.844 Neisseria_subflava +bin.522 Neisseria_subflava +bin.441 Neisseria_subflava +bin.480 Neisseria_subflava +bin.295 Neisseria_subflava +bin.865 Neisseria_subflava +bin.144 Neisseria_subflava +bin.761 Neisseria_subflava +bin.604 Neisseria_subflava +bin.183 Neisseria_subflava +bin.766 Neisseria_subflava +bin.839 Neisseria_subflava +bin.290 Neisseria_subflava +bin.939 Neisseria_subflava +bin.805 Neisseria_subflava +bin.650 Neisseria_subflava +bin.465 Neisseria_subflava +bin.727 Parvimonas_micra +bin.541 Porphyromonas_gingivalis +bin.786 Porphyromonas_gingivalis +bin.502 Porphyromonas_gingivalis +bin.135 Porphyromonas_gingivalis +bin.513 Porphyromonas_gingivalis +bin.157 Porphyromonas_gingivalis +bin.56 Prevotella_denticola +bin.656 Prevotella_denticola +bin.130 Prevotella_intermedia +bin.11 Prevotella_intermedia +bin.174 Prevotella_intermedia +bin.258 Prevotella_intermedia +bin.308 Prevotella_intermedia +bin.204 Prevotella_intermedia +bin.306 Prevotella_intermedia +bin.327 Prevotella_intermedia +bin.725 Prevotella_intermedia +bin.850 Prevotella_intermedia +bin.683 Prevotella_intermedia +bin.399 Prevotella_intermedia +bin.641 Prevotella_intermedia +bin.1116 Prevotella_intermedia +bin.417 Prevotella_intermedia +bin.277 Prevotella_intermedia +bin.432 Prevotella_intermedia +bin.370 Prevotella_intermedia +bin.166 Prevotella_jejuni +bin.339 Prevotella_jejuni +bin.471 Prevotella_jejuni +bin.313 Prevotella_jejuni +bin.500 Prevotella_jejuni +bin.278 Prevotella_melaninogenica +bin.291 Prevotella_melaninogenica +bin.346 Prevotella_melaninogenica +bin.29 Prevotella_melaninogenica +bin.269 Prevotella_melaninogenica +bin.692 Prevotella_melaninogenica +bin.790 Prevotella_melaninogenica +bin.363 Prevotella_melaninogenica +bin.930 Prevotella_melaninogenica +bin.555 Prevotella_melaninogenica +bin.307 Prevotella_melaninogenica +bin.161 Prevotella_melaninogenica +bin.558 Prevotella_melaninogenica +bin.111 Prevotella_melaninogenica +bin.79 Prevotella_melaninogenica +bin.585 Prevotella_melaninogenica +bin.273 Prevotella_melaninogenica +bin.452 Prevotella_melaninogenica +bin.25 Prevotella_oris +bin.284 Prevotella_oris +bin.178 Prevotella_oris +bin.202 Prevotella_oris +bin.524 Prevotella_oris +bin.149 Prevotella_oris +bin.361 Prevotella_oris +bin.171 Prevotella_oris +bin.763 Pseudomonas_aeruginosa +bin.445 Pseudomonas_putida +bin.646 Ralstonia_mannitolilytica +bin.843 Rothia_dentocariosa +bin.225 Rothia_dentocariosa +bin.86 Rothia_dentocariosa +bin.891 Rothia_dentocariosa +bin.488 Rothia_mucilaginosa +bin.364 Rothia_mucilaginosa +bin.230 Rothia_mucilaginosa +bin.729 Rothia_mucilaginosa +bin.37 Rothia_mucilaginosa +bin.611 Rothia_mucilaginosa +bin.687 Rothia_mucilaginosa +bin.356 Rothia_mucilaginosa +bin.943 Rothia_mucilaginosa +bin.101 Rothia_mucilaginosa +bin.415 Rothia_mucilaginosa +bin.659 Rothia_mucilaginosa +bin.593 Ruania_sp_HY168 +bin.834 Ruania_sp_HY168 +bin.921 Ruminococcus_bicirculans +bin.125 Saccharibacteria +bin.360 Saccharibacteria +bin.6 Saccharibacteria +bin.893 Saccharibacteria +bin.878 Saccharibacteria +bin.19 Saccharibacteria +bin.265 Saccharibacteria +bin.561 Saccharibacteria +bin.675 Saccharibacteria +bin.1107 Saccharibacteria +bin.1039 Saccharibacteria +bin.250 Saccharibacteria +bin.485 Saccharibacteria +bin.292 Saccharibacteria +bin.1290 Saccharibacteria +bin.109 Saccharibacteria +bin.965 Saccharibacteria +bin.300 Schaalia_odontolytica +bin.462 Schaalia_odontolytica +bin.617 Schaalia_odontolytica +bin.4 Schaalia_odontolytica +bin.23 Schaalia_odontolytica +bin.373 Schaalia_odontolytica +bin.138 Schaalia_odontolytica +bin.400 Schaalia_odontolytica +bin.621 Schaalia_odontolytica +bin.223 Schaalia_odontolytica +bin.588 Schaalia_odontolytica +bin.43 Schaalia_odontolytica +bin.1093 Schaalia_odontolytica +bin.612 Schaalia_odontolytica +bin.482 Schaalia_odontolytica +bin.1069 Schaalia_odontolytica +bin.1378 Schaalia_odontolytica +bin.380 Schaalia_odontolytica +bin.113 Selenomonas_sp_oral_taxon_126 +bin.201 Selenomonas_sp_oral_taxon_920 +bin.774 Sneathia_amnii +bin.616 Streptococcus_gordonii +bin.542 Streptococcus_intermedius +bin.214 Streptococcus_mitis +bin.1125 Streptococcus_mitis +bin.132 Streptococcus_mitis +bin.141 Streptococcus_pneumoniae +bin.349 Streptococcus_pneumoniae +bin.752 Streptococcus_pneumoniae +bin.103 Streptococcus_pneumoniae +bin.431 Streptococcus_pneumoniae +bin.142 Streptococcus_pneumoniae +bin.819 Streptococcus_salivarius +bin.331 Streptococcus_salivarius +bin.720 Streptococcus_salivarius +bin.1366 Streptococcus_salivarius +bin.655 Streptococcus_sanguinis +bin.851 Streptococcus_sanguinis +bin.281 Streptococcus_sp_LPB0220 +bin.882 Streptococcus_sp_LPB0220 +bin.368 Streptococcus_sp_LPB0220 +bin.140 Streptococcus_sp_LPB0220 +bin.554 Streptococcus_sp_oral_taxon_431 +bin.698 Streptococcus_sp_oral_taxon_431 +bin.556 Streptococcus_sp_oral_taxon_431 +bin.717 Streptococcus_sp_oral_taxon_431 +bin.147 Streptococcus_sp_oral_taxon_431 +bin.929 Streptococcus_sp_oral_taxon_431 +bin.232 Tannerella_sp_oral_taxon_HOT-286 +bin.184 Tannerella_sp_oral_taxon_HOT-286 +bin.517 Treponema_putidum +bin.421 Treponema_putidum +bin.619 Treponema_sp_OMZ_838 +bin.746 Treponema_sp_OMZ_838 +bin.580 Treponema_sp_OMZ_838 +bin.709 Treponema_sp_OMZ_838 +bin.583 Treponema_sp_OMZ_838 +bin.89 Veillonella_atypica +bin.807 Veillonella_atypica +bin.207 Veillonella_atypica +bin.92 Veillonella_atypica +bin.573 Veillonella_atypica +bin.618 Veillonella_atypica +bin.521 Veillonella_atypica +bin.59 Veillonella_atypica +bin.354 Veillonella_atypica +bin.804 Veillonella_dispar +bin.105 Veillonella_dispar +bin.3 Veillonella_dispar +bin.863 Veillonella_dispar +bin.234 Veillonella_parvula