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+++ b/sepsis.R
@@ -0,0 +1,1506 @@
+## ANÁLISIS ESTADÍSTICO DESCRIPTIVO E INFERENCIAL MEDIANTE R DE UN CONJUNTO DE DATOS FICTICIOS SOBRE SEPSIS EN UNIDAD DE CUIDADOS INTENSIVOS
+## Diego Fernando Scarpetta Gonzalez, MD; Henry Bedoya Gonzalez, MD y Bibiana Perez Hernandez, PhD
+
+
+#1.Definir carpeta de trabajo
+getwd()  #Devuelve la ruta del directorio de trabajo actual
+setwd("D://MIB//INVESTIGACIÓN")
+
+#2.Instalar las Librer?as 
+
+install.packages("readr")     
+install.packages("readxl")     
+install.packages("latticeExtra")
+install.packages ("Hmisc") 
+install.packages ("ggplot2")
+install.packages ("carData")
+install.packages ("tidyverse")
+install.packages ("plyr")
+install.packages ("Publish")
+install.packages("car")
+
+#3.Cargar el archivo de trabajo
+library(readr)  
+sepsis<-read.csv(file ="D:/MIB/INVESTIGACIÓN/sepsis_def.csv", header=T)
+sepsis
+View(sepsis)
+
+
+
+#4.Exploracion del contenido de los datos
+str(sepsis)           #estructura
+dim(sepsis)           #dimension
+names(sepsis)         #nombre de las variables
+head(sepsis)          #primeros elementos
+tail(sepsis)          #encabezado ?ltimos elementos
+summary(sepsis)       #resumen del contenido de las variables
+any(is.na(sepsis))    #presencia de missings
+mean(sepsis$Wbc_inicial,na.rm = TRUE)
+nrow(sepsis)          #numero de filas
+ncol(sepsis)
+nrow(na.omit(sepsis)) #selecciona solo las filas con informacion
+
+# Nombrar variables categoricas 
+
+summary(sepsis)
+
+sepsis$Sexo <- factor(sepsis$Sexo)
+sepsis$Hospital <- factor(sepsis$Hospital)
+sepsis$Proced <- factor(sepsis$Proced)
+sepsis$Reg_salud <- factor(sepsis$Reg_salud)
+sepsis$HTA <- factor(sepsis$HTA)
+sepsis$ARA_2<- factor(sepsis$ARA_2)
+sepsis$IECA<- factor(sepsis$IECA)
+sepsis$Tiazidas<- factor(sepsis$Tiazidas)
+sepsis$diur_asa<- factor(sepsis$diur_asa)
+sepsis$Calcio.antagonista<- factor(sepsis$Calcio.antagonista)
+sepsis$Beta_bloqueador<- factor(sepsis$Beta_bloqueador)
+sepsis$Otros_antihta<- factor(sepsis$Otros_antihta)
+sepsis$DM_2<- factor(sepsis$DM_2)
+sepsis$Metformina<- factor(sepsis$Metformina)
+sepsis$iSGLT2<- factor(sepsis$iSGLT2)
+sepsis$DDPIV<- factor(sepsis$DDPIV)
+sepsis$GLP1a<- factor(sepsis$GLP1a)
+sepsis$Insulina_basal<- factor(sepsis$Insulina_basal)
+sepsis$Insulina_preprandial<- factor(sepsis$Insulina_preprandial)
+sepsis$Otros_antidiabeticos<- factor(sepsis$Otros_antidiabeticos)
+sepsis$Hipotiroidismo<- factor(sepsis$Hipotiroidismo)
+sepsis$ERC<- factor(sepsis$ERC)
+sepsis$Tabaco<- factor(sepsis$Tabaco)
+sepsis$Enf_coronaria<- factor(sepsis$Enf_coronaria)
+sepsis$Obesidad<- factor(sepsis$Obesidad)
+sepsis$Dislipidemia<- factor(sepsis$Dislipidemia)
+sepsis$ACV<- factor(sepsis$ACV)
+sepsis$Fib_aur<- factor(sepsis$Fib_aur)
+sepsis$Autoinmune<- factor(sepsis$Autoinmune)
+sepsis$Sepsis<- factor(sepsis$Sepsis)
+sepsis$Alt_C<- factor(sepsis$Alt_C)
+sepsis$Norepi<- factor(sepsis$Norepi)
+sepsis$Vasopresina<- factor(sepsis$Vasopresina)
+sepsis$ATB_1<- factor(sepsis$ATB_1)
+sepsis$ATB_2<- factor(sepsis$ATB_2)
+sepsis$ATB_3<- factor(sepsis$ATB_3)
+sepsis$Cultivos<- factor(sepsis$Cultivos)
+sepsis$IOT<- factor(sepsis$IOT)
+sepsis$IRA<- factor(sepsis$IRA)
+sepsis$Dialisis<- factor(sepsis$Dialisis)
+sepsis$Muerte<- factor(sepsis$Muerte)
+
+# Función para preguntar si una variable es categorica
+
+is.factor(sepsis$Muerte)  # esta si
+is.factor(sepsis$Norepi_0)  # esta no 
+
+# Colocar etiquetas a los valores numericos de las variables categoricas
+
+levels(sepsis$Sexo) <- c("Hombre","Mujer")
+levels(sepsis$Hospital) <- c("Farallones","León XIII")
+levels(sepsis$Proced) <- c("Bello","Caldas","Cali","Envigado","Medellin","Pasto","Popayan","Quibdo","S_Quilichao","Tumaco","Urrao","Yarumal")
+levels(sepsis$Reg_salud) <- c("Subsidiado","Contributivo")
+
+library(car) 
+#levels(sepsis$HTA) <- c("no","si")
+sepsis$HTA2<- recode(sepsis$HTA,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$HTA2) <- c("si", "no")
+levels(sepsis$ARA_2) <- c("no","si")
+levels(sepsis$IECA) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Tiazidas) <- c("no","si")
+levels(sepsis$diur_asa) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Calcio.antagonista) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Beta_bloqueador) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Otros_antihta) <- c("no","si")
+
+#levels(sepsis$DM_2) <- c("no","si")
+sepsis$DM2<- recode(sepsis$DM_2,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$DM2) <- c("si", "no")
+
+levels(sepsis$Metformina) <- c("no","si")
+levels(sepsis$iSGLT2) <- c("no","si")
+levels(sepsis$DDPIV) <- c("no","si")
+levels(sepsis$GLP1a) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Insulina_basal) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Insulina_preprandial) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Otros_antidiabeticos) <- c("no","si")
+
+
+ins_2<- sepsis[sepsis$Insulina_basal != 0, ]  ### ESTABLECE SUBSET DONDE NOREPI ES DIFERENTE A 0 
+summary(ins_2$Dosis_preprandial)
+
+
+library(car) 
+#levels(sepsis$Hipotiroidismo) <- c("no","si")
+sepsis$hipotiroidismo2<- recode(sepsis$Hipotiroidismo,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$hipotiroidismo2) <- c("si", "no")
+
+
+#levels(sepsis$ERC) <- c("no","si")
+sepsis$ERC2<- recode(sepsis$ERC,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$ERC2) <- c("si", "no")
+
+
+#levels(sepsis$Tabaco) <- c("no","si")
+sepsis$Tabaco2<- recode(sepsis$Tabaco,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$Tabaco2) <- c("si", "no")
+
+##levels(sepsis$Enf_coronaria) <- c("no","si")
+sepsis$co<- recode(sepsis$Enf_coronaria,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$co) <- c("si", "no")
+
+##levels(sepsis$Obesidad) <- c("no","si")
+sepsis$obesidad2<- recode(sepsis$Obesidad,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$obesidad2) <- c("si", "no")
+
+
+#levels(sepsis$Dislipidemia) <- c("no","si")
+sepsis$dislipidemia2<- recode(sepsis$Dislipidemia,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$dislipidemia2) <- c("si", "no")
+
+
+
+#levels(sepsis$ACV) <- c("no","si")
+sepsis$ACV2<- recode(sepsis$ACV,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$ACV2) <- c("si", "no")
+
+
+
+#levels(sepsis$Fib_aur) <- c("no","si")
+sepsis$FA<- recode(sepsis$Fib_aur,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$FA) <- c("si", "no")
+
+
+levels(sepsis$Autoinmune) <- c("no","si")
+sepsis$Auto2<- recode(sepsis$Autoinmune,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$Auto2) <- c("si", "no")
+
+
+
+
+
+levels(sepsis$Sepsis) <- c("Colangitis","Diverticulitis","Endocarditis","Osteomielitis","Peritonitis","Empiema","Epoc_sobreinf","NAC","Pie_diabetico","ISO_cx_plástica","Urinaria")
+levels(sepsis$Alt_C) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Norepi) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Vasopresina) <- c("no","si")
+levels(sepsis$ATB_1) <- c("Ampicilina sulbactam","Cefalexina","Cefepime","Oxacilina","Meropenem","Ceftazidima avibactam","Penicilina benzatínica","Piperacilina tazobactam","Vancomicina","Linezolid","Tigeciclina","Anfotericina_B","Caspofungina","Claritromicina","TMP_SMX","Tetraconjugado","Ciprofloxacino","Ninguno")
+levels(sepsis$ATB_2) <- c("Ampicilina sulbactam","Cefalexina","Cefepime","Oxacilina","Meropenem","Ceftazidima avibactam","Penicilina benzatínica","Piperacilina tazobactam","Vancomicina","Linezolid","Tigeciclina","Anfotericina_B","Caspofungina","Claritromicina","TMP_SMX","Tetraconjugado","Ciprofloxacino","Ninguno")
+levels(sepsis$ATB_3) <- c("Ampicilina sulbactam","Cefalexina","Cefepime","Oxacilina","Meropenem","Ceftazidima avibactam","Penicilina benzatínica","Piperacilina tazobactam","Vancomicina","Linezolid","Tigeciclina","Anfotericina_B","Caspofungina","Claritromicina","TMP_SMX","Tetraconjugado","Ciprofloxacino","Ninguno")
+levels(sepsis$Cultivos) <- c("E. coli","K. pneumoniae","P. aeruginosa","SAMR","SAMS","S. marcecens","Candida","TBC","Sars-cov-2","No Id")
+levels(sepsis$IOT) <- c("no","si")
+levels(sepsis$IRA) <- c("no","si")
+levels(sepsis$Dialisis) <- c("no","si")
+##levels(sepsis$Muerte) <- c("vivo","muerto")
+library(car) 
+sepsis$Mort<- recode(sepsis$Muerte,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$Mort) <- c("si", "no")
+
+
+# TABLAS
+
+tabla1<-table(sepsis$Sexo)
+tabla1
+tabla2<-table(sepsis$Hospital) 
+tabla2
+tabla3<-table(sepsis$Proced) 
+tabla3
+tabla4<-table(sepsis$Reg_salud)
+tabla4 
+tabla5<-table(sepsis$HTA) 
+tabla5
+tabla6<-table(sepsis$ARA_2) 
+tabla6
+tabla7<-table(sepsis$IECA) 
+tabla7
+tabla8<-table(sepsis$Tiazidas) 
+tabla8
+tabla9<-table(sepsis$diur_asa) 
+tabla9
+tabla10<-table(sepsis$Calcio.antagonista) 
+tabla10
+tabla11<-table(sepsis$Beta_bloqueador) 
+tabla11
+tabla12<-table(sepsis$Otros_antihta) 
+tabla12
+tabla13<-table(sepsis$DM_2) 
+tabla13
+tabla14<-table(sepsis$Metformina) 
+tabla14
+tabla15<-table(sepsis$iSGLT2) 
+tabla15
+tabla16<-table(sepsis$DDPIV) 
+tabla16
+tabla17<-table(sepsis$GLP1a) 
+tabla17
+tabla18<-table(sepsis$Insulina_basal)
+tabla18
+tabla19<-table(sepsis$Insulina_preprandial) 
+tabla19
+tabla20<-table(sepsis$Otros_antidiabeticos) 
+tabla20
+tabla21<-table(sepsis$Hipotiroidismo) 
+tabla21
+tabla22<-table(sepsis$ERC) 
+tabla22
+tabla23<-table(sepsis$Tabaco) 
+tabla23
+tabla24<-table(sepsis$Enf_coronaria) 
+tabla24
+tabla25<-table(sepsis$Obesidad) 
+tabla25
+tabla26<-table(sepsis$Dislipidemia) 
+tabla26
+tabla27<-table(sepsis$ACV) 
+tabla27
+tabla28<-table(sepsis$Fib_aur) 
+tabla28
+tabla29<-table(sepsis$Autoinmune) 
+tabla29
+tabla30<-table(sepsis$Sepsis) 
+tabla30
+tabla31<-table(sepsis$Alt_C) 
+tabla31
+tabla32<-table(sepsis$Norepi) 
+tabla32
+tabla33<-table(sepsis$Vasopresina) 
+tabla33
+tabla34<-table(sepsis$ATB_1) 
+tabla34
+tabla35<-table(sepsis$ATB_2) 
+tabla35
+tabla36<-table(sepsis$ATB_3) 
+tabla36
+tabla37<-table(sepsis$Cultivos)
+tabla37
+tabla38<-table(sepsis$IOT) 
+tabla38
+tabla39<-table(sepsis$IRA) 
+tabla39
+tabla40<-table(sepsis$Dialisis) 
+tabla40
+tabla41<-table(sepsis$Mort) 
+tabla41
+
+
+# FRECUENCIAS RELATIVAS (con %)
+
+proporciones1<-prop.table(tabla1)   
+proporciones1*100
+proporciones2<-prop.table(tabla2)   
+proporciones2*100
+proporciones3<-prop.table(tabla3)   
+proporciones3*100
+proporciones4<-prop.table(tabla4)   
+proporciones4*100
+proporciones5<-prop.table(tabla5)   
+proporciones5*100
+proporciones6<-prop.table(tabla6)   
+proporciones6*100
+proporciones7<-prop.table(tabla7)   
+proporciones7*100
+proporciones8<-prop.table(tabla8)   
+proporciones8*100
+proporciones9<-prop.table(tabla9)   
+proporciones9*100
+proporciones10<-prop.table(tabla10)   
+proporciones10*100
+proporciones11<-prop.table(tabla11)   
+proporciones11*100
+proporciones12<-prop.table(tabla12)   
+proporciones12*100
+proporciones13<-prop.table(tabla13)   
+proporciones13*100
+proporciones14<-prop.table(tabla14)   
+proporciones14*100
+proporciones15<-prop.table(tabla15)   
+proporciones15*100
+proporciones16<-prop.table(tabla16)   
+proporciones16*100
+proporciones17<-prop.table(tabla17)   
+proporciones17*100
+proporciones18<-prop.table(tabla18)   
+proporciones18*100
+proporciones19<-prop.table(tabla19)   
+proporciones19*100
+proporciones20<-prop.table(tabla20)   
+proporciones20*100
+proporciones21<-prop.table(tabla21)   
+proporciones21*100
+proporciones22<-prop.table(tabla22)   
+proporciones22*100
+proporciones23<-prop.table(tabla23)   
+proporciones23*100
+proporciones24<-prop.table(tabla24)   
+proporciones24*100
+proporciones25<-prop.table(tabla25)   
+proporciones25*100
+proporciones26<-prop.table(tabla26)   
+proporciones26*100
+proporciones27<-prop.table(tabla27)   
+proporciones27*100
+proporciones28<-prop.table(tabla28)   
+proporciones28*100
+proporciones29<-prop.table(tabla29)   
+proporciones29*100
+proporciones30<-prop.table(tabla30)   
+proporciones30*100
+proporciones31<-prop.table(tabla31)   
+proporciones31*100
+proporciones32<-prop.table(tabla32)   
+proporciones32*100
+proporciones33<-prop.table(tabla33)   
+proporciones33*100
+proporciones34<-prop.table(tabla34)   
+proporciones34*100
+proporciones35<-prop.table(tabla35)   
+proporciones35*100
+proporciones36<-prop.table(tabla36)   
+proporciones36*100
+proporciones37<-prop.table(tabla37)   
+proporciones37*100
+proporciones38<-prop.table(tabla38)   
+proporciones38*100
+proporciones39<-prop.table(tabla39)   
+proporciones39*100
+proporciones40<-prop.table(tabla40)   
+proporciones40*100
+proporciones41<-prop.table(tabla41)   
+proporciones41*100
+
+### GRAFICAS DESCRIPTIVAS 
+
+## HISTOGRAMA
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$Edad,col="lightblue", main="Histograma edad de los pacientes",xlab="Edad (años)", ylab = "Frecuencia (%)", freq = T, xlim = c(10, 110), ylim = c(0, 60))
+abline(v = mean(sepsis$Edad), col="red", lwd=3, lty=2)
+abline(v = median(sepsis$Edad), col="blue", lwd=3, lty=2)
+legend(x = "topright", legend = c("Media", "Mediana"), fill = c("red", "blue"), 
+       title = "Medidas de tendencia central")
+
+
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$Peso,col="lightblue", main="Histograma del peso",xlab="Peso (kg)", ylab = "Frecuencia (%)", freq = T, xlim = c(40, 120), ylim = c(0, 50))
+abline(v = mean(sepsis$Peso), col="red", lwd=3, lty=2)
+abline(v = median(sepsis$Peso), col="blue", lwd=3, lty=2)
+legend(x = "topright", legend = c("Media", "Mediana"), fill = c("red", "blue"), 
+       title = "Medidas de tendencia central")
+
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$Talla,col="lightblue", main="Histograma de la talla",xlab="Talla (m)", ylab = "Frecuencia (%)", freq = T, xlim = c(1.5, 2), ylim = c(0, 50))
+abline(v = mean(sepsis$Talla), col="red", lwd=3, lty=2)
+abline(v = median(sepsis$Talla), col="blue", lwd=3, lty=2)
+legend(x = "topright", legend = c("Media", "Mediana"), fill = c("red", "blue"), 
+       title = "Medidas de tendencia central")
+
+
+
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$IMC,col="lightblue", main="Histograma del IMC",xlab="IMC (kg/m2)", ylab = "Frecuencia (%)", freq = T, xlim = c(15, 40), ylim = c(0, 50))
+abline(v = mean(sepsis$IMC), col="red", lwd=3, lty=2)
+abline(v = median(sepsis$IMC), col="blue", lwd=3, lty=2)
+legend(x = "topright", legend = c("Media", "Mediana"), fill = c("red", "blue"), 
+       title = "Medidas de tendencia central")
+
+
+
+
+## PIE CHARTS
+
+# SEXO
+
+dev.new()
+p1=proporciones1*100
+x1 = tabla1
+y1=c("Hombres","Mujeres")
+z1=paste(y1,p1,"%")
+pie(x1, labels=z1, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 0.9, edges=200, main="Sexo de los pacientes")
+
+
+# HOSPITALES
+
+dev.new()
+p2=proporciones2*100
+x2 = tabla2
+y2=levels(sepsis$Hospital)
+z2=paste(y2,p2,"%")
+pie(x2, labels=z2, col=rainbow(length(y2)), radius= 0.9, edges=200, main="Hospital tratante")
+
+
+
+# CIUDADES DE PROCEDENCIA
+
+dev.new()
+p3=proporciones3*100
+x3 = tabla3
+y3=levels(sepsis$Proced)
+z3=paste(y3,p3,"%")
+pie(x3, labels=z3, col=rainbow(length(y3)), radius= 0.7, edges=100, main="Ciudad de origen")
+
+# REGIMEN DE SALUD
+
+dev.new()
+p4=proporciones4*100
+x4 = tabla4
+y4=levels(sepsis$Reg_salud)
+z4=paste(y4,p4,"%")
+pie(x4, labels=z4, col=rainbow(length(y4)), radius= 0.9, edges=200, main="Regimen de salud")
+
+
+# ANTECEDENTES PATOLOGICOS
+
+dev.new()
+p5=proporciones5*100
+p13=proporciones13*100
+p21=proporciones21*100
+p22=proporciones22*100
+p23=proporciones23*100
+p24=proporciones24*100
+p25=proporciones25*100
+p26=proporciones26*100
+p27=proporciones27*100 
+p28=proporciones28*100
+p29=proporciones29*100
+barplot(horiz=FALSE, space=c(0,0.2), las=c(0), cex.main=2, height= cbind(HTA=p5, Dislipidemia=p26, Hipotiroidismo=p21, Tabaquismo=p23, DM2=p13, 
+Fib_auricular=p28, ACV=p27, Autoinmunidad=p29, ERC=p22, Enf_Coronaria=p24, Obesidad=p25), beside = TRUE, width=c(3.2), col=c(2,1), 
+legend.text=c("Sano","Enfermo"),  main="Prevalencia de antecedentes patologicos", ylim=c(0,100), xlim=c(0,100), ylab="%", xlab="Enfermedad")
+
+# TRATAMIENTO ANTI HTA
+
+dev.new()
+p6=proporciones6*100
+p7=proporciones7*100
+p8=proporciones8*100
+p9=proporciones9*100
+p10=proporciones10*100
+p11=proporciones11*100
+p12=proporciones12*100
+barplot(horiz=FALSE, space=c(0,0.2), las=c(0), cex.main=2, height= cbind(ARA_2=p6,
+IECA=p7, Tiazidas=p8, diur_asa=p9, Ca_antagonis=p10, Beta_bloq=p11, Otros=p12), beside = TRUE, width=c(3.2), col=c(2,1), 
+legend.text=c("No utiliza","Si utiliza"),  main="Anti Hipertensivos", ylim=c(0,100), xlim=c(0,65), ylab="%", xlab="Medicamentos")
+
+
+
+# TRATAMIENTO NORMOGLUCEMIANTE
+
+dev.new()
+p14=proporciones14*100
+p15=proporciones15*100
+p16=proporciones16*100
+p17=proporciones17*100
+p18=proporciones18*100
+p19=proporciones19*100
+p20=proporciones20*100
+barplot(horiz=FALSE, space=c(0,0.2), las=c(0), cex.main=2, height= cbind
+(Metformina=p14, i_SGLT2=p15, DDP_IVi=p16, GLP1a=p17, Ins_basal=p18, Ins_prepran=p19, Otros=p20), beside = TRUE, width=c(3.2), col=c(2,1), legend.text=c("No utiliza","Si utiliza"),  main="Normoglucemiantes", ylim=c(0,100), xlim=c(0,65), ylab="%", xlab="Medicamentos")
+
+# MOTIVO DE INFECCIÓN
+
+
+dev.new()
+p30=proporciones30*100
+x30 = tabla30
+y30=levels(sepsis$Sepsis)
+z30=paste(y30,p30,"%")
+pie(x30, labels=z30, col=rainbow(length(y30)), radius= 0.8, edges=200, main="Etiología de la sepsis")
+
+# ALTERACIÓN DE LA CONSCIENCIA
+
+dev.new()
+p31=proporciones31*100
+x31 = tabla31
+y31=levels(sepsis$Alt_C)
+z31=paste(y31,p31,"%")
+pie(x31, labels=z31, col=rainbow(length(y30)), radius= 1, edges=200, main="Alteración de la consciencia")
+
+
+# Alteración de la consciencia vs mortalidad
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+p31=proporciones31*100
+x31 = tabla31
+y31=levels(sepsis$Alt_C)
+z31=paste(y31,p31,"%")
+pie(x31, labels=z31, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 2, edges=200, main="Alteración de la consciencia")
+plot(sepsis$Alt_C, sepsis$Muerte, main="Alteración de la consciencia vs mortalidad", 
+xlab="Alteración de la consciencia", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+
+
+# Norepinefrina - Vasopresina
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+p32=proporciones32*100
+x32 = tabla32
+y32=levels(sepsis$Norepi)
+z32=paste(y32,p32,"%")
+pie(x32, labels=z32, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 1, edges=200, main="Norepinefrina")
+plot(sepsis$Norepi, sepsis$Muerte, main="Requerimiento de Norepinefrina vs mortalidad", 
+xlab="Uso de norepinefrina", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+p33=proporciones33*100
+x33 = tabla33
+y33=levels(sepsis$Vasopresina)
+z33=paste(y32,p32,"%")
+pie(x33, labels=z33, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 1, edges=200, main="Vasopresina")
+plot(sepsis$Vasopresina, sepsis$Muerte, main="Requerimiento de Vasopresina vs mortalidad", 
+xlab="Uso de vasopresina", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+
+
+# Mortalidad vs Aislamiento
+
+
+dev.new()
+p37=proporciones37*100
+x37 = tabla37
+y37=levels(sepsis$Cultivos)
+z37=paste(y37,p37,"%")
+pie(x37, labels=z37, col=rainbow(length(y37)), radius= 1, edges=200, main="Microorganismos")
+
+dev.new()
+plot(sepsis$Cultivos, sepsis$Muerte, main="Mortalidad vs Aislamiento", 
+xlab="Microorganismo", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+
+
+# Requerimiento de intubación orotraqueal vs mortalidad
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+p38=proporciones38*100
+x38 = tabla38
+y38=levels(sepsis$IOT)
+z38=paste(y38,p38,"%")
+pie(x38, labels=z38, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 2, edges=200, main="Requerimiento de IOT")
+plot(sepsis$IOT, sepsis$Muerte, main="Requerimiento de IOT vs mortalidad", 
+xlab="IOT", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+
+# Injuria renal aguda y dialisis vs mortalidad
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+
+p39=proporciones39*100
+x39 = tabla39
+y39=levels(sepsis$IRA)
+z39=paste(y39,p39,"%")
+pie(x39, labels=z39, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 1, edges=200, main="Injuria renal aguda")
+plot(sepsis$IRA, sepsis$Muerte, main="Injuria renal aguda vs mortalidad", 
+     xlab="Injuria renal aguda", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+
+p40=proporciones40*100
+x40 = tabla40
+y40=levels(sepsis$Dialisis)
+z40=paste(y40,p40,"%")
+pie(x40, labels=z40, col=c("lightblue","lightgreen"), radius= 1, edges=200, main="Requerimiento de dialisis")
+plot(sepsis$Dialisis, sepsis$Muerte, main="Requerimiento de Dialisis vs mortalidad", 
+     xlab="Dialisis", ylab="% mortalidad", col=c("lightblue","lightgreen"))
+
+
+# CAJAS Y BIGOTES
+
+# IMC VS MORTALIDAD
+
+dev.new() 
+boxplot(sepsis$IMC,col="green", main="IMC vs mortalidad",xlab="kg/m2",ylab="Muerte")
+sepsis$Muerte
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(IMC ~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="IMC vs mortalidad", ylab="Kg/m2", xlab="Mortalidad")
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+sepsis$Muerte
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(Tam_inicial~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="TAM_ingreso vs mortalidad", ylab="mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot(Tam_12h~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="TAM 12h vs mortalidad", ylab="mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot(Tam_24h~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="TAM 24h vs mortalidad", ylab="mmHg", xlab="Mortalidad")
+ay <- ((sepsis$Tam_24h - sepsis$Tam_inicial)/sepsis$Tam_inicial)*100
+boxplot(ay~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta TAM vs mortalidad", ylab="% cambio", xlab="Mortalidad")
+
+## DELTA LACTATO, LLENADO CAPILAR, PH, HCO3, N/L Y PCR  vs Mortalidad
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,3))
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(sepsis$Lactato_inicial~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Lactato inicial vs Mortalidad", ylab="mmol/l", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(sepsis$Lactato_24h~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Lactato 24 h vs Mortalidad", ylab="mmol/l", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$Lactato_24h - sepsis$Lactato_inicial)/sepsis$Lactato_inicial*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta de Lactato vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,3))
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(sepsis$capilar~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Llenado capilar inicial vs Mortalidad", ylab="segundos", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(sepsis$capilar24~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Llenado capilar 24 h vs Mortalidad", ylab="segundos", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$capilar24 - sepsis$capilar)/sepsis$capilar*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta de llenado capilar vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$pH24 - sepsis$ph)/sepsis$ph*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta de pH vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$Hco3_24 - sepsis$Hco3)/sepsis$Hco3*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta HCO3 vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$NL_24h - sepsis$NL)/sepsis$NL*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta de ratio Neutrofilos/Linfocitos vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$PCR_24h - sepsis$PCR_inicial)/sepsis$PCR_inicial*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta de PCR vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+## GLUCOSILADA Y CV_GLUCEMICO VS MORTALIDAD
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot((sepsis$Glucosilada)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Glucosilada vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot((sepsis$CV_gluc)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Variabilidad glucemica vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+## DOSIS DE NOREPINEFRINA VS MORTALIDAD
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,3))
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot((sepsis$Norepi_0)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Dosis de NE_inicial vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot((sepsis$Norepi_24)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Dosis de NE_24h vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad")
+
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(((sepsis$Norepi_24 - sepsis$Norepi_0)/sepsis$Norepi_0*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta dosis de NE vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+
+## SHOCK INDEX Y DIASTOLIC INDEX VS MORTALIDAD
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot((sepsis$s_index0)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Shock_index_0h vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot((sepsis$s_index12)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Shock_index_12h vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot((sepsis$s_index24)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Shock_index_24h vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot(((sepsis$s_index24 - sepsis$s_index0)/sepsis$s_index0*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta Shock_index vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot((sepsis$fctad_inicial)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Diastolic_index_0h vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot((sepsis$fctad_12h)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Diastolic_index_12h vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot((sepsis$fctad_24h)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Diastolic_index_24h vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot(((sepsis$fctad_24h - sepsis$fctad_inicial)/sepsis$fctad_inicial*100)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Delta Diastolic_index vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+
+### ANALISIS ANTERIOR CON UN SUBSET DE DOSIS INICIAL DE NE != 0 (DIFERENTE A 0 MCG/KG/MIN)
+
+fff<- sepsis[sepsis$Norepi_0 != 0, ]  ### ESTABLECE SUBSET DONDE NOREPI ES DIFERENTE A 0 
+muerte3<-factor(fff$Muerte)
+levels(muerte3)<- c("vivo","muerto")
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,3))
+boxplot((fff$Norepi_0)~ muerte3, data = fff,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Dosis de NE_inicial vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad", ylim=c(0,0.5))
+boxplot((fff$Norepi_24)~ muerte3, data = fff,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Dosis de NE_24 h vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad", ylim=c(0,0.6))
+boxplot(((fff$Norepi_24 - fff$Norepi_0)/fff$Norepi_0*100)~ muerte3, data = fff,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Delta de NE vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad", ylim=c(-100,200))
+
+
+# FRECUENCIA DE MORTALIDAD SEGÚN CIUDAD (SUBSET DE MORTALIDAD = 1)
+
+rrr<- sepsis[sepsis$Muerte == 1, ]  ### ESTABLECE SUBSET DONDE MUERTE ES POSITIVO (1)
+procedencia<-factor(rrr$Proced)
+levels(procedencia)<-c("Bello","Caldas","Cali","Envigado","Medellin","Pasto","Popayan","Quibdo","S_Quilichao","Tumaco","Urrao","Yarumal")
+tx <- table(rrr$Muerte, procedencia)
+dev.new()
+barplot(tx, main="Mortalidad por región", horiz=1, las=1, xlim=c(0,25), col=c("lightgreen"))
+
+
+## DIAGRAMAS DE DISPERSIÓN
+
+fff ## SUBSET DE NE > 0
+
+require(stats)
+fff<- sepsis[sepsis$Norepi_0 != 0, ]
+delta_NE <- ((fff$Norepi_24 - fff$Norepi_0)/fff$Norepi_0*100) 
+dev.new()
+reg<-lm(fff$CV_gluc ~ delta_NE)
+plot(fff$CV_gluc, delta_NE, main="Delta de NE vs Coeficiente de variabilidad glucemico", ylab="Delta NE (%)", xlab= "C_variab gluc %") 
+abline(reg, col="red") 
+
+view(fff)
+
+delta_NE
+
+
+
+
+fff<- sepsis[sepsis$Muerte == 1, ]
+delta_NE <- ((fff$Norepi_24 - fff$Norepi_0)/fff$Norepi_0*100) 
+dev.new()
+reg<-lm(fff$CV_gluc ~ delta_NE)
+plot(fff$CV_gluc, delta_NE, main="Delta de NE vs Coeficiente de variabilidad glucemico", ylab="Delta NE (%)", xlab= "C_variab gluc %") 
+abline(reg, col="red") 
+
+
+fff<- sepsis[sepsis$Norepi_0 != 0, ]
+dev.new()
+reg<-lm(fff$Lactato_inicial ~ fff$Norepi_0)
+plot(fff$CV_gluc, fff$Norepi_0, main="Delta de NE vs Coeficiente de variabilidad glucemico", ylab="Delta NE (%)", xlab= "C_variab gluc %") 
+abline(reg, col="red") 
+
+daro<- ((sepsis$Lactato_24h - sepsis$Lactato_inicial)/sepsis$Lactato_inicial)
+dev.new()
+plot(fff$CV_gluc, fff$fctad_inicial, main="Coeficiente de variabilidad glucemico vs Indice diastolico", ylab="Diast_Index (lpm/mmHg)", xlab= "CV_gluc (%)")
+  
+## ESTADISTICA DESCRIPTIVA 
+
+mean(sepsis$Edad)
+mean(sepsis$Peso)
+mean(sepsis$Talla)
+mean(sepsis$IMC)
+mean(sepsis$Fc_inicial)
+mean(sepsis$Fc_12h)
+mean(sepsis$Fc_24h)
+mean(sepsis$Tam_inicial)
+mean(sepsis$Tam_12h)
+mean(sepsis$Tam_24h)
+mean(sepsis$s_index0)
+mean(sepsis$s_index12)
+mean(sepsis$s_index24)
+mean(sepsis$fctad_inicial)
+mean(sepsis$fctad_12h)
+mean(sepsis$fctad_24h)
+mean(sepsis$CV_gluc)
+mean(sepsis$Norepi_0)
+mean(sepsis$Norepi_24)
+mean(sepsis$Dias_iot)
+
+
+
+
+sd()  ## Desviación estandar
+var()   ## varianza
+cv<- function(x){sd(x)/mean(x)*100}  ### FUNCIONES EN R (EJ: COEFICIENTE DE VARIABILIDAD)
+cv(sepsis$Edad)
+cv(sepsis$Peso)
+cv(sepsis$Talla)
+cv(sepsis$CV_gluc)  ## COEFIECIENTE DE VARIABILIDAD DE LOS COEFICIENTES DE VARIABILIDAD GLUCEMICOS.
+
+##### INFERENCIAL
+##### INFERENCIAL
+##### INFERENCIAL
+##### INFERENCIAL
+
+library("funModeling")
+summary(sepsis$CV_gluc)
+describe(sepsis$CV_gluc)
+profiling_num (sepsis$CV_gluc)
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$CV_gluc,col="lightblue", main ="histograma CV_glucemica" ,xlab="%", freq = F, xlim = c(10,45))
+lines(density(sepsis$CV_gluc))
+abline(v = MeanCI(sepsis$CV_gluc,conf.level = 0.99), col="green", lwd=3, lty=2)
+abline(v = MeanCI(sepsis$CV_gluc,conf.level = 0.95), col="orange", lwd=3, lty=2)
+abline(v = MeanCI(sepsis$CV_gluc,conf.level = 0.90), col="red", lwd=3, lty=2)
+abline(v = mean(sepsis$CV_gluc), col="black", lwd=3, lty=2)
+legend(x = "topright", legend = c("IC 99%_media","IC 95%_media","IC 90%_media","Media"), fill = c("green","orange","red","black"))
+
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$Glucosilada,col="deeppink", main ="histograma CV_glucemica" ,xlab="%", freq = F)
+lines(density(sepsis$Glucosilada))
+
+#Ejercicios 2: Intervalo de Confianza 95% para la media 
+#Opcin 1
+library(Publish)
+ci.mean(sepsis$CV_gluc, 0.05)
+ci.mean(sepsis$CV_gluc, 0.01)
+ci.mean(sepsis$CV_gluc, 0.1)
+#Opcin 2
+library(DescTools)
+MeanCI(sepsis$CV_gluc,conf.level=0.95)
+MeanCI(sepsis$CV_gluc,conf.level=0.90)
+MeanCI(sepsis$CV_gluc,conf.level=0.99)
+
+
+#Ejercicios 3: Intervalos de Confianza 90% y 99% para la media 
+ci.mean(sepsis$CV_gluc,0.01)
+ci.mean(presion$C,0.1)
+
+#Ejercicios 4: Prueba de hip?tesis para un valor de la media (media de pas= 140Hgmm) 
+t.test(sepsis$CV_gluc,mu=32)
+
+t.test(sepsis$CV_gluc,mu=19)
+
+qt(0.95,199)
+
+
+
+#Ejercicios 5:crear una variable "pas_alta" para identificar individuos con pas??? 160 mmHg
+library(car) 
+sepsis$meta<-recode(sepsis$CV_gluc,"0:30='2'; 30.01:50='1'")
+sepsis$meta <- as.factor(sepsis$meta)
+# Etiquetar la nueva variable
+levels(sepsis$meta) <- c("si", "no")
+# Tabla de frecuencias para la nueva variable
+ttr<-table(ggo)
+ttr
+pttr<-prop.table(ttr)   
+pttr*100
+pttr<-paste(pttr*100,"%")
+pttr
+
+
+#Ejercicios 6: Intervalo de Confianza para la proporci?n (pas ??? 160 mmHg)
+#Opci?n 1 
+library(PropCIs)
+exactci(421, 500,
+        conf.level=0.95)
+
+exac
+
+#Opci?n 2: IC exacto binomial 
+library (DescTools)
+BinomCI(41, 200,
+        conf.level = 0.95,
+        method = "clopper-pearson")
+
+#Ejercicios 7: Prueba de hip?tesis para una proporci?n (pas ??? 160 mmHg))
+#Opcion1: aproximaci?n normal
+
+prop.test(29,200,0.205)
+#Opcion2: Test exacto binomial 
+binom.test(127,318,0.25)
+
+qchisq(0.05, 1, lower.tail = F)
+
+table(presion$enf_cardiaca)
+
+x<-table(ggo, sepsis$Mort)
+t(x)
+prop.test(x, correct= FALSE)
+library(DescTools)
+OddsRatio(x,conf.level=0.95)
+
+
+binom.test(51,235,(1/6),alternative="two.sided")
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+#a) tabla de contingencia
+
+
+
+#b) Proporciones
+margin.table (R4, 1) ## Frecuencias marginales por filas 
+margin.table (R4, 2) ## Frecuencias marginales por columnas
+
+prop.table(R4)       ## Proporciones totales  
+prop.table(R4, 1)    ## Proporciones por columnas
+prop.table(R4, 2)    ## Proporciones por filas
+round(100*prop.table(R4, 1), dig=2 )    ## Porcentajes por filas
+
+round(100*prop.table(R4), dig=2 )    ## Porcentajes total 2 x 2 
+
+#Gr?fico de sectores para describir una tabla
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R4[1,], col=col.1, main="CV_Glucemico > 25%", lab=lab.bajo )
+pie(R4[2,], col=col.1, main="CV_Glucemico ≤ 25%", lab=lab.bajo )
+
+#c) Prueba ji-cuadrado: comparar proporciones
+chisq.test(R4)
+chisq.test(R4)$p.value
+chisq.test(R4)$expected
+#Valor te?rico de ji-cuadrado con 1 grado de libertad y alfa=0,05 
+qchisq(0.05, 1, lower.tail = F) 
+
+#d)ODDS RATIO E IC !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+
+R1 <- table(sepsis$Sexo, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R1[1,], col=col.1, main="Hombre", lab=lab.bajo )
+pie(R1[2,], col=col.1, main="Mujer", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R1)
+
+R2 <- table(sepsis$Hospital, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R2[1,], col=col.1, main="Farallones", lab=lab.bajo )
+pie(R2[2,], col=col.1, main="León XIII", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R2)
+
+R3 <- table(sepsis$Reg_salud, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R3[1,], col=col.1, main="Subsidiado", lab=lab.bajo )
+pie(R3[2,], col=col.1, main="Contributivo", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R3)
+
+## CV_GLUCEMICO
+
+library(epitools) 
+oddsratio(R4)
+
+
+
+
+
+sepsis$meta3<-recode(sepsis$CV_gluc,"0:20='2'; 20.01:50='1'")
+sepsis$meta3 <- as.factor(sepsis$meta3)
+levels(sepsis$meta3) <- c("si", "no")
+tmet3<-table(sepsis$meta3, sepsis$Mort)
+oddsratio(tmet3)
+
+sepsis$meta2<-recode(sepsis$CV_gluc,"0:30='2'; 30.01:50='1'")
+sepsis$meta2 <- as.factor(sepsis$meta2)
+levels(sepsis$meta2) <- c("si", "no")
+tmet2<-table(sepsis$meta2, sepsis$Mort)
+oddsratio(tmet2)
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightblue", "lightgreen")
+pie(tmet3[1,], col=col.1, main="CV_glu > 20%", lab=lab.bajo )
+pie(tmet3[2,], col=col.1, main="CV_gluc < 20%", lab=lab.bajo )
+pie(tmet2[1,], col=col.1, main="CV_glu > 30%", lab=lab.bajo )
+pie(tmet2[2,], col=col.1, main="CV_gluc < 30%", lab=lab.bajo )
+
+
+
+R5 <- table(sepsis$HTA2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R5[1,], col=col.1, main="HTA", lab=lab.bajo )
+pie(R5[2,], col=col.1, main="No HTA", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R5)
+
+
+
+R6 <- table(sepsis$DM2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R6[1,], col=col.1, main="DM2", lab=lab.bajo )
+pie(R6[2,], col=col.1, main="No_DM2", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R6)
+
+R7 <- table(sepsis$co, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R7[1,], col=col.1, main="Enf_Coronaria", lab=lab.bajo )
+pie(R7[2,], col=col.1, main="Sin Enf_coronaria", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R7)
+
+
+R8 <- table(sepsis$obesidad2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R8[1,], col=col.1, main="Obeso", lab=lab.bajo )
+pie(R8[2,], col=col.1, main="No obeso", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R8)
+
+
+
+#levels(sepsis$Hipotiroidismo) <- c("no","si")
+sepsis$hipotiroidismo2<- recode(sepsis$hipotiroidismo,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$hipotiroidismo2) <- c("si", "no")
+R9 <- table(sepsis$hipotiroidismo2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R9[1,], col=col.1, main="Hipotiroideo", lab=lab.bajo )
+pie(R9[2,], col=col.1, main="No Hipotiroideo", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R9)
+
+
+#levels(sepsis$ERC) <- c("no","si")
+sepsis$ERC2<- recode(sepsis$ERC,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$ERC2) <- c("si", "no")
+R10 <- table(sepsis$ERC2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R10[1,], col=col.1, main="ERC", lab=lab.bajo )
+pie(R10[2,], col=col.1, main="No ERC", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R10)
+
+
+
+
+#levels(sepsis$Tabaco) <- c("no","si")
+sepsis$Tabaco2<- recode(sepsis$Tabaco,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$Tabaco2) <- c("si", "no")
+R11 <- table(sepsis$Tabaco2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R11[1,], col=col.1, main="Tabaquista", lab=lab.bajo )
+pie(R11[2,], col=col.1, main="No tabaquista", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R11)
+
+
+#levels(sepsis$Dislipidemia) <- c("no","si")
+sepsis$dislipidemia2<- recode(sepsis$Dislipidemia,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$dislipidemia2) <- c("si", "no")
+R12 <- table(sepsis$dislipidemia2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R12[1,], col=col.1, main="Dislipidemia", lab=lab.bajo )
+pie(R12[2,], col=col.1, main="No dislipidemia", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R12)
+
+#levels(sepsis$ACV) <- c("no","si")
+sepsis$ACV2<- recode(sepsis$ACV,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$ACV2) <- c("si", "no")
+R13 <- table(sepsis$ACV2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R13[1,], col=col.1, main="ACV", lab=lab.bajo )
+pie(R13[2,], col=col.1, main="No ACV", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R13)
+
+
+
+#levels(sepsis$Fib_aur) <- c("no","si")
+sepsis$FA<- recode(sepsis$Fib_aur,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$FA) <- c("si", "no")
+R14 <- table(sepsis$FA, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R14[1,], col=col.1, main="Fibrilación auricular", lab=lab.bajo )
+pie(R14[2,], col=col.1, main="No FA", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R14)
+
+##levels(sepsis$Autoinmune) <- c("no","si")
+sepsis$Auto2<- recode(sepsis$Autoinmune,"0='2'; 1='1'")
+levels(sepsis$Auto2) <- c("si", "no")
+R15 <- table(sepsis$Auto2, sepsis$Mort)
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R15[1,], col=col.1, main="Autoinmunidad", lab=lab.bajo )
+pie(R15[2,], col=col.1, main="No Autoinmunidad", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R15)
+
+
+
+summary(sepsis$Wbc_inicial)
+
+
+library(car) 
+sepsis$leucocitosis3<-recode(sepsis$Wbc_24h,"0:11499='0'; 11500:80000='1'")
+sepsis$leucocitosis3 <- as.factor(sepsis$leucocitosis3)
+
+# Etiquetar la nueva variable
+levels(sepsis$leucocitosis3) <- c("normal", "leucocitosis")
+# Tabla de frecuencias para la nueva variable
+u1<-table(sepsis$leucocitosis3)
+u1
+proporcion<-prop.table(u1)   
+proporcion*100
+
+sepsis$leucocitosis
+
+wbc2<- sepsis[sepsis$Wbc_inicial > 11500, ]
+summary(wbc2$Wbc_inicial)
+
+summary(sepsis$Wbc_24h)
+
+
+sepsis$corwbc=(sepsis$Wbc_24h)/(sepsis$Wbc_inicial)
+sepsis$corwbc<-recode(sepsis$corwbc,"0:0.99999999999='2'; 1:100='1'")
+sepsis$corwbc<- as.factor(sepsis$corwbc)
+
+R88 <- table(sepsis$corwbc, sepsis$Mort)
+
+library(epitools)
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+lab.bajo=c("Muertos", "Vivos")
+col.1 = c("lightgreen", "lightblue")
+pie(R88[1,], col=col.1, main="WBC_aumentan", lab=lab.bajo )
+pie(R88[2,], col=col.1, main="WBC_disminuyen", lab=lab.bajo )
+oddsratio(R88)
+
+
+
+
+library(car)
+#Test Bartlett (Parametrico) 
+bartlett.test(sepsis$SOFA,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$SOFA ~  sepsis$Mort)
+
+dev.new() 
+hist(sepsis$PCR_inicial,col="red", main="histograma trigliceridos",xlab="trigliceridos", freq = F)
+
+
+bartlett.test(sepsis$SOFA,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$SOFA ~  sepsis$Mort)
+
+
+library(car)
+t.test ( sepsis$NL ~  sepsis$Mort, var.equal=T)
+
+library(car)
+t.test ( sepsis$NL_24h ~  sepsis$Mort, var.equal=T)
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+boxplot ( sepsis$s_index0 ~  sepsis$Mort, col=c("lightgreen","lightblue"), 
+          main="Relación N:L y mortalidad" )
+boxplot ( sepsis$s_ ~  sepsis$Mort, col=c("lightgreen","lightblue"), 
+          main="Relación N:L a las 24 hy mortalidad" )
+
+
+library(car)
+t.test ( sepsis$SOFA ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+
+library(car)
+t.test ( sepsis$PCR_24h ~  sepsis$Mort, var.equal=T)
+
+summary(sepsis$s_index0)
+
+library(car)
+#Test Bartlett (Parametrico) 
+bartlett.test(sepsis$s_index0,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$s_index0 ~  sepsis$Mort)
+
+
+t.test (sepsis$s_index0 ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+
+
+summary(sepsis$Tam_inicial)
+summary(sepsis$Tam_12h)
+summary(sepsis$Tam_24h)
+
+
+bartlett.test(sepsis$Tam_inicial,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$Tam_inicial ~  sepsis$Mort)
+
+bartlett.test(sepsis$Tam_12h,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$Tam_12h ~  sepsis$Mort)
+
+bartlett.test(sepsis$Tam_24h,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$Tam_24h ~  sepsis$Mort)
+
+
+t.test (sepsis$Tam_inicial ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+t.test (sepsis$Tam_12h ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+t.test (sepsis$Tam_24h ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+
+summary(sepsis$fctad_inicial)
+t.test (sepsis$fctad_inicial ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+
+
+
+
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,5))
+sepsis$Muerte
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(Tam_inicial~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="TAM_ingreso vs mortalidad", ylab="mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot(Tam_12h~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="TAM 12h vs mortalidad", ylab="mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot(Tam_24h~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="TAM 24h vs mortalidad", ylab="mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot((sepsis$s_index0)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Shock_index vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+boxplot((sepsis$fctad_inicial)~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Diastolic_index vs Mortalidad", ylab="lpm / mmHg", xlab="Mortalidad")
+
+summary(sepsis$Lactato_inicial)
+sepsis$deltalactato = ((sepsis$Lactato_24h - sepsis$Lactato_inicial)/sepsis$Lactato_inicial)*100
+
+sepsis$deltalactato
+
+bartlett.test(sepsis$Lactato_inicial,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$Lactato_inicial ~  sepsis$Mort)
+t.test (sepsis$Lactato_inicial ~  sepsis$Mort, var.equal=F)
+
+
+library(car) 
+sepsis$lactato3<-recode(sepsis$deltalactato,"- 800000000:0.9999999999='2'; 1:80000='1'")
+sepsis$lactato3 <- as.factor(sepsis$lactato3)
+levels(sepsis$lactato3) <- c("sube", "baja")
+
+R90 <- table(sepsis$lactato3, sepsis$Mort)
+oddsratio(R90)
+
+
+
+summary(sepsis$capilar)
+bartlett.test(sepsis$capilar,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$capilar ~  sepsis$Mort)
+t.test (sepsis$capilar ~  sepsis$Mort, var.equal=T)
+
+
+
+sepsis$deltacapilar= ((sepsis$capilar24 - sepsis$capilar)/sepsis$capilar)*100
+sepsis$deltacapilar
+
+
+
+library(car) 
+sepsis$capilar3<-recode(sepsis$deltacapilar,"- 800000000:0.9999999999='2'; 1:80000='1'")
+sepsis$capilar3 <- as.factor(sepsis$capilar3)
+levels(sepsis$capilar3) <- c("sube", "baja")
+
+R91 <- table(sepsis$capilar3, sepsis$Mort)
+oddsratio(R91)
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,2))
+sepsis$Muerte
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(sepsis$Lactato_inicial~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Lactato_0h vs mortalidad", ylab="mmol/l", xlab="Mortalidad")
+boxplot(sepsis$Lactato_24h ~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Lactato_24h vs mortalidad", ylab="mmol/l", xlab="Mortalidad")
+boxplot(sepsis$capilar ~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Llenado_capilar_0h vs mortalidad", ylab="segundos", xlab="Mortalidad")
+boxplot(sepsis$capilar24 ~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="Llenado_capilar_24h vs mortalidad", ylab="segundos", xlab="Mortalidad")
+
+summary(sepsis$CV_gluc)
+
+
+bartlett.test(sepsis$CV_gluc,sepsis$Mort)
+var.test ( sepsis$CV_gluc ~  sepsis$Mort)
+t.test (sepsis$CV_gluc~  sepsis$Mort, var.equal=T)
+
+
+t.test (sepsis$SOFA~  sepsis$Mort, var.equal=T)
+
+summary(sepsis$SOFA)
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,3))
+muerte2<-factor(sepsis$Muerte)
+dmc<-factor(sepsis$DM2)
+levels(dmc)<- c("diabetico","no diabetico")
+levels(muerte2)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(sepsis$CV_gluc~ dmc, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"), labels=levels(dmc), main="CV_Glucemico vs DM_2", ylab="%", xlab="Diabetes mellitus 2")
+boxplot(sepsis$CV_gluc ~ muerte2, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte2), main="CV_Glucemico vs mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,3))
+muerte3<-factor(XaX$Muerte)
+levels(muerte3)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(XaX$Norepi_0 ~ muerte3, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Dosis_NE_0h vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad")
+boxplot(XaX$Norepi_24 ~ muerte3, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Dosis_NE_24h vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad")
+boxplot(XaX$NE_delta ~ muerte3, data = sepsis, col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Delta NE vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+library("funModeling")
+profiling_num (sepsis$SOFA)
+
+summary(XaX$Norepi_24)
+
+table(sepsis$Norepi)
+
+summary(XaX$Norepi_24)
+
+
+bartlett.test(XaX$Norepi_24,XaX$Mort)
+var.test ( XaX$Norepi_24 ~  XaX$Mort)
+t.test (XaX$NE_delta ~  XaX$Mort, var.equal=F)
+
+summary(XaX$Norepi_24)
+
+XaX$NE_delta
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,3))
+mx<-factor(XaX$Mort)
+levels(mx)<- c("muerto","vivo")
+boxplot(XaX$Norepi_0 ~ mx, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(mx), main="Dosis_NE_0h vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad")
+boxplot(XaX$Norepi_24 ~ mx, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(mx), main="Dosis_NE_24h vs Mortalidad", ylab="mcg/kg/min", xlab="Mortalidad")
+boxplot(XaX$NE_delta ~ mx, data = sepsis, col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(mx), main="Delta NE vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+library(car) 
+XaX$Mort<- recode(XaX$Muerte,"0='2'; 1='1'")
+levels(XaX$Mort) <- c("muerto", "vivo")
+
+XaX$Mort
+
+
+
+XaX$NE_delta <- ((XaX$Norepi_24 - XaX$Norepi_0)/XaX$Norepi_0*100) 
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,1))
+bartlett.test(XaX$NE_delta,XaX$Mort)
+var.test (XaX$NE_delta ~  XaX$Mort)
+t.test (XaX$NE_delta ~ XaX$Muerte, var.equal=F)
+muerte5<-factor(XaX$Muerte)
+levels(muerte5)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(XaX$NE_delta ~ muerte5, data = XaX, col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte5), main="Delta NE vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+
+
+XaX$Muerte
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(2,3))
+muerte3<-factor(XaX$Mort)
+levels(muerte3)<- c("vivo","muerto")
+boxplot(XaX$NE_delta ~ muerte3, data = sepsis,col=c("lightgreen","lightblue"),labels=levels(muerte3), main="Dosis_NE_0h vs Mortalidad", ylab="%", xlab="Mortalidad")
+
+
+
+####### RELACIÒN LINEAL 
+
+
+
+XaX<- sepsis[sepsis$Norepi_0 != 0, ]
+
+XaX$Norepi_0
+
+
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+plot(XaX$CV_gluc, XaX$Norepi_0, pch=10, cex=2, col=c("deeppink"), main="CV_Glucemico vs Dosis de norepinefrina_0h",
+     xlab="CV_glucemico (%)", ylab="Dosis de NE (mcg/kg/min)")
+plot(XaX$CV_gluc, XaX$Norepi_24, pch=10, cex=2, col=c("deeppink"), main="CV_Glucemico vs Dosis de norepinefrina_24h",
+     xlab="CV_glucemico (%)", ylab="Dosis de NE (mcg/kg/min)")
+
+
+dev.new()
+par(mfrow=c(1,2))
+plot(XaX$Norepi_0, XaX$NL, pch=10, cex=2, col=c("deeppink"), main="CV_Glucemico vs Dosis de norepinefrina_0h",
+     xlab="CV_glucemico (%)", ylab="Dosis de NE (mcg/kg/min)")
+plot(XaX$Lactato_24h, XaX$capilar24, pch=10, cex=2, col=c("deeppink"), main="CV_Glucemico vs Dosis de norepinefrina_24h",
+     xlab="CV_glucemico (%)", ylab="Dosis de NE (mcg/kg/min)")
+
+
+
+
+
+cor.test(XaX$CV_gluc, XaX$Norepi_24, method = "spearman",exact=FALSE)
+
+library(nortest)
+lillie.test (sepsis$CV_gluc)
+
+
+cor(XaX$CV_gluc, XaX$Norepi_0, method = "pearson")
+cor(XaX$CV_gluc, XaX$Norepi_24, method = "pearson")
+
+hist(sepsis$CV_gluc,col="red", main="histograma trigliceridos",xlab="trigliceridos", freq = F)
+
+
+library("funModeling")
+profiling_num (sepsis$CV_gluc)
+summary(sepsis$CV_gluc)
+
+
+
+
+library(corrplot)
+w.cor= cor (sepsis[,3:5 97],method = "spearman",use="pairwise.complete.obs")
+dev.new()
+corrplot(w.cor)
+dev.new()
+corrplot(w.cor, order="hclust")
+